根据上述职责，市林业局内设5个科级职能机构：

（一）办公室

起草和审核有关综合性文件和重要报告；负责会议组织、秘书事务、信息综合、文电处理、文书档案管理和机要保密工作；制定内部管理规章制度；负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理、离退休人员服务和党群工作；负责局机关计划生育工作；负责政务公开和信访工作；负责机关后勤管理工作；财务管理职责按有关规定执行；组织开展全市林业干部培训和林业队伍建设工作；指导林业生态文明和生态文化建设相关工作。

（二）营林与花卉科（三亚市绿化委员会办公室）

拟定林业及其生态建设的发展战略、中长期规划和年度生产计划并组织实施；制定全市造林绿化的指导性计划，组织、协调、指导全市造林绿化和海防林建设工作；指导各类公益林和商品林的培育、植树造林、封山育林和以植树种草等生物措施防治荒沙化和水土流失工作；指导退耕还林和林业山区综合开发工作；承担市绿化委员会的具体工作；负责古树名木的保护和管理。

指导全市林业产业发展，编制并组织实施全市林业产业和花卉产业发展规划；负责林业发展项目、林业工程项目规划的编制和申报；指导建立并组织实施林业及其生态建设的生态补偿制度；编制和组织实施部门预算，提出省、市财政林业专项转移支付资金预算建议；监督管理林业资金的使用，审核重点林业建设项目；协助对林业资金审计稽查；负责林业国有资产管理和信息统计；指导林业及生态建设科技工作，指导林业科学研究及基层林业科技机构的建设与管理；组织实施林业、花卉科技交流和新技术、新品种的推广和普及。

（三）林政法规科（行政审批办公室）

依法拟定并组织实施本市林业及其生态建设的地方性政策、法规规章，以及集体林权制度、国有林区、国有林场等重大林业改革意见、农村林业发展和维护农民经营林业合法权益的政策措施；监督本系统法律法规规章的执行情况；指导林业行政执法，承办行政复议和行政应诉工作；负责林地纠纷处理工作；指导林权管理，承担林地征用、占用和国有森林资源资产产权变动的评估、审核工作；指导农村林地林木承包经营、林权流转及管理，指导林权纠纷调处和林地承包合同纠纷仲裁；组织宣传国家的林业方针、政策，承担本系统普法教育工作；指导各区镇林业工作；清理林业行政审批事项，制定并组织实施林业行政许可审批的规章制度和办事流程。

负责受理林业行政审批事项；按授权办理行政审批事项，送达行政审批决定。

（四）资源与保护科

组织开展森林资源调查，发布相关信息；调查、规划、设计各类陆生野生动植物自然保护区，并协调保护与管理工作；负责实施各林区林场、自然保护区、森林公园的森林资源和生态公益林管理和保护工作；负责各类林业行政案件查处工作；指导协调并组织实施林区林场及保护区管理。

组织开展保护陆生野生动植物的宣传工作；协调有关部门，查处非法捕杀、经营国家保护陆生野生动植物的违法行为；依法保护、管理陆生野生动植物资源，依法保护、恢复、管理全市红树林和陆生野生植物；依法管理属于国家和省级保护种类陆生野生动植物的驯养、繁殖、栽培、经营、流通工作。

（五）三亚市森林防火指挥部办公室

承担全市森林火情监控，发布森林火险和火灾信息；组织、协调、指导和监督全市森林防火工作和重大森林火灾扑救工作；组织宣传护林防火工作；承担三亚市森林防火指挥部的其他具体工作。