(一)办公室。负责党组和行政事务日常运转，承担文书文秘、会务、机关财务、预决算、资产管理、安全、保密、信访档案管理、信息系统维护、政务公开、新闻宣传和应急处置等工作。负责机关和直属单位的组织人事管理、机构编制、教育培训、队伍建设等工作。负责制定全市医疗保障改革和创新发展的规划、计划、方案、办法等，研究提出海南自由贸易试验区(自由贸易港)医疗保障工作方面的意见和建议。承担规范性文件和相关文书合法性审查工作。承担医疗保障信息化的规划和建设，以及对外交流合作等工作。

(二)待遇保障科。负责贯彻执行医疗保障待遇政策，统筹推进多层次医疗保障体系建设。组织开展医疗保障关系转移、长期护理保险制度改革工作。拟订全市医疗救助相关的政策、办法和标准，建立健全全市城乡医疗救助体系，组织实施全市城乡医疗救助工作。负责医疗保障基金审核支付工作。负责脱贫攻坚医疗保障工作。

(三)医疗医药服务管理科。负责执行全省统一医保目录和支付标准，组织实施定点医药机构医保协议支付管理、异地就医管理和结算工作。负责医保支付方式改革，推进医联体建设。配合省医疗保障局做好药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施收费标准制定和组织实施工作，以及药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理工作。负责药品、医用耗材和医疗服务价格监测信息发布工作。

(四)基金监管科。负责医疗保障基金监督管理工作，建立健全医疗保障基金安全防控机制。监督管理纳入医疗保障范围内的医疗服务行为和医疗费用，依法查处全市医疗保障领域违法违规行为。开展医疗保障信用评价和信息披露工作。负责医疗保障基金智能审核工作。依据法律法规和有关政策规定完成各项内部审计工作任务。