清溪高中地处马边河畔的中国历史文化名镇清溪镇。

民国14年（1925年），清溪“四大庙会”协商成立董事会，集资建立“私立清溪川粤赣楚小学”。

民国32年春（1943年），为开发大小凉山及西南边陲，国民政府在清溪镇三教寺开办国立清溪农业职业学校，学校的首任校长由民国教育家陶玄担任。同时任命“嘉峨师管区”某长官之妻罗剑虹为教务主任。

民国32年秋（1943年），“私立清溪川粤赣楚小学”董事会决定，改私立小学为“私立清溪初级中学”，校长宁子谊，第一年开设3个初中班，招生150人。

1950年，人民政府接收国立清溪农业职业学校，改名川南犍为农校。

1951年，政府接收，更名为“四川省犍为县第二初级中学”，派出代表周冠夫任校长。

1953年秋，按师生专业对农职校进行裁撤，其中农业专业并入宜宾农业学校（今宜宾职业技术学院），林业专业并入都江堰（原灌县）林业学校（今四川农业大学都江堰校区），蚕桑专业并入南充蚕桑学校（今四川省服装艺术学校），畜牧业并入荣昌牧业学校（今西南大学荣昌校区）。校产除土地归农场外，均划给“四川省犍为县第二初级中学”（今清溪初中、清溪高中）。

1953年，“四川省犍为县第二初级中学”搬迁入川南犍为农校，校长魏伯华，1956年，校长邓思敏。

1969年，清溪镇新办清水溪中学。

1972年，清水溪中学和犍为县第二初级中学，合并更名为“四川省犍为县清溪中学”。

1982年，高中部停招普通高中班，改招果和技养殖专业高中班，初中部仍保留，校长魏伯华。

1984年，犍为县清溪中学高中部改“清溪农业高级中学”。初中部仍保留。

1986年，清溪农业高级中学改名“四川省犍为县清溪职业中学”。

1987年，高中部部分老师在清溪第二小学校舍复校，开办普高班，具体地址在清溪大桥桥头旁南华宫。

1992年，初中部独立建校改名清溪初中，1996年迁出。

2000年8月，犍为清溪职业中学与犍为玉津职中合并，并更名为犍为县职业高级中学，师生一同迁往玉津镇，清溪高中正式迁回三教寺旧址。

2000年后，嘉阳公司子弟学校裁撤，部分师生并入清溪高中，学校迎来快速发展期。

2008年汶川地震，受此影响，清溪高中灾后重建，新建宿舍楼一栋。

在各级政府及领导的关怀下，从2015年起累计投资近2亿，对学校进行了扩建改造。

2017年9月，新教学楼、宿舍、餐厅、风雨棚等正式投入使用，运动场还在建设中，在硬件软件得到改善后，学校还将迎来更加快速的发展。

2021年秋季开学典礼上，　清溪高中校长黄成田在致辞中表示，原四川省犍为县孝姑中学整体并入四川省犍为县清溪高中。