截至2021年，主要科室包括：

1·办公室：负责文电处理、财务管理及人事管理；

2·市场建设与秩序科：推进商务领域信用建设及城市商业网点规划；

3·商贸与流通业发展科：监测分析商品供求状况，推动流通产业结构调整；

4·对外贸易科：协调外贸新业态发展及贸易促进活动；

5·外国投资管理科：组织实施境内外重大招商活动。2025年增设电子商务科，分管电子商务发展规划。