上海市人民政府办公厅内设机构16个，即：

秘书处

市政府督查室

建议提案处

综合处

区政处

联络处

市政府总值班室（城市运行值守处）

政务公开办公室

电子政务办公室

法律事务处

行政审批制度改革处

政务服务处

“上海发布”办公室

党政办公室

人事处（老干部处）

行政处