2007年，上海植物园获得“2007年度上海市科普先进集体”称号。

2009年11月，上海植物园被授予“上海市爱心助老特色基地”称号。

2009年12月，上海植物园获得“全国科普教育基地（2010-2014年）”称号。

2009年，上海植物园获得“2009年度上海市科普先进集体”称号。

2010年，上海植物园获得“2010年度上海市科普先进集体”称号。

2011年5月，上海植物园申请的发明专利“一种轻型屋顶绿化预制景天毯的基质配方”正式获得授权。

2011年7月，上海植物园获得“中国生物多样性保护与绿色发展示范基地”称号。

2011年12月，上海植物园获得“国家aaaa级旅游景区”称号。

2011年12月，上海植物园的作品——木本梅斯菊和毛叶刺核藤，在中国·日本仙人掌和多浆植物精品展获得金奖。

2012年4月，上海植物园被授予“上海市首批市级旅游标准化示范单位”称号。

2012年4月，上海植物园获得“2011年度上海市科普教育基地先进集体”称号。

2012年12月，上海植物园获得“2012年度上海市科普教育基地先进集体”称号。

2013年5月，上海植物园获得“2011—2012年度上海市绿化和市容管理局文明单位”称号。

2013年7月，上海植物园被授予“2013年全国科技活动周暨上海科技节先进集体”称号。

2013年9月，上海植物园参加第四届中国国际仙人掌植物及多浆植物精品展，参展的三个作品中有两个分别获得一个金奖和一个三等奖。

2013年9月，上海植物园在世界盆景友好联盟大会暨亚太盆景展中，获得”中华瑰宝奖“。

2013年10月，上海植物园连续第三年获得“长桥街道为老服务先进集体”。

2014年10月，上海植物园盆景园获得“2012-2013年度最佳植物专类园”称号。

2020年10月，上海植物园被上海市绿化和市容管理局评为“上海市五星级公园”。

2021年2月5日，被中国林学会命名为第五批全国林草科普基地，有效期为2021年～2024年。

2022年3月，被命名为2021-2025年度第一批全国科普教育基地。

上海植物园的石蒜，入选2021年度上海市公园十大特色植物区。

2022年11月，入选2022年度上海市“公园十大特色植物区”名单。