商丘公交始建于1958年10月，成立时只有1条线路，4辆车，33名职工，当时名称为“搬运公司汽车队”。

1999年6月以前隶属于商丘地区商丘市（现梁园区）公用事业局，名称为商丘市汽车公司。

1997年，商丘撤地划市。

1999年10月，上划到商丘市公用事业管理局管理，名称变更为商丘市公共交通公司。

2002年12月，经商丘市公用事业管理局同意，更名为商丘市公共交通总公司。

2006年3月，按照省、市政府要求，完成企业改制，成立商丘市公共交通有限公司，同时从事业单位序列中退出。

2000年8月20日开始在16路、18路、23路3条公交线路实行无人售票。

2007年，开始在全省率先实行60岁以上老年人免费乘车。

2011年9月22日，开始推行公交ic卡自动收费系统和gps智能调度系统，实现了公交的信息化、智能化管理。

2014年7月，首批空调公交车投入线路试运营，结束了商丘市区无空调公交车的历史。

2014年12月，第二批高配置空调混合动力公交车投入运营。

2015年6月30日，310辆纯电动公交首次亮相商丘。收回私人承包线路4条，5路、12路、13路、26路。

2016年7月5日，再次600辆投入运营，商丘纯电动公交车规模再次壮大。收回私人承包线路8条，8路、22路、28路、小1路、小2路、小3路、57路、66路。

2016年12月，市政府“2016十件实事”之一的纯电动公交车投入运营。加大场站建设，新建了迎宾路和火车南站北广场两个场站，扩建总公司场站。新建和扩充充电桩317个，加上火车南站场站，四个场站共有477个充电桩。

2017年，公交服务年建设，将积极推行“互联网+”公交服务，购置600余台纯电动公交车和200余台纯电动大容量公交车，公交服务能力进一步加强。加强场站建设，加大充电设施建设。10月底前完成全国“互联互通”工程；2月，公司收回最后一条私人承包线路25路，至此商丘公交线路全部实现公司统一运营。收回私营线路同时又开通了101路调整优化了大量线路，使公交线路分布更加方便市民出行；为更加方便市民出行，开通了支付宝二维码乘车，并开始推出办理针对残疾人免费乘车的爱心卡，让群众出行更加便捷；12月15日，获得河南省公交行业“十佳企业”荣誉称号。

2018年，17路、21路、27路、32路、62路、65路、103路、105路、106路、108路开通！8月，为鼓励市民绿色出行，公交公司推出一元乘车惠民政策，我市25条线路实行一元票价！

2018年10月1日，商丘公交举行成立60周年庆祝大会！60年栉风沐雨，商丘公交迎来新的发展机遇。

2019年2月1日，55路开通。至此，梁园区所有乡镇均实现与市区之间的公交联通。黑金刚、子弹头、双层等新型网红公交投入运营。11月8日，107路开通。

2020年4月22日，15辆福田欧辉纯电动公交车交付，新能源家族又添新能源。开通111路、112路、113路。

2020年9月1日，109路开通；10月1日，开通娄店、勒马、毛堌堆、临河店、包公庙公交线路。目前，商丘市公共交通有限公司对睢阳区辖区内城乡客运班线已实现公交化运营，全区建制村通车率达100%，为城乡广大群众提供了更为安全便利的出行条件。

2022年公交公司开通校园环线1路，2路，3路，4路，5路，6路，将取消的83路重新恢复运营。

2023年2月23日，商丘市公共交通有限公司发布通告：受疫情冲击、国家新能源补贴政策调整、财政补贴不到位等多种因素叠加影响，导致目前公司亏损十分严重，经营异常困难，员工工资、社保金拖欠，无力支付，车辆充电电费、车辆保险等无资金购买，已经无法继续承担老百姓出行的公益性事业和民生工程。

经公司研究决定，拟于2023年3月1日起暂停运营商丘市市区公交线路，请广大市民、乘客提前做好出行安排，由此带来不便，敬请谅解。

2023年2月23日，河南省商丘市公交公司发布最新通告，回应此前“将暂停运营市区公交线路”的说法。通告称，公司将克服困难，确保公交不停运，不影响公众出行，此前发布的公告对社会造成的不良影响，深表歉意。