商州，汉以名县，北周以名州。历代设州置县，或州县同设，交替沿革复杂。

远古为虞司徒契所封之国，夏属梁、豫之交；周属雍、豫。春秋战国，先是分属秦、晋（魏），后统属于秦。

秦代（前221—前207年）

地属内史南境。治所设咸阳，统辖境域相当于今关中平原及商洛地区，领42县。秦始皇二十六年（前221年）设商县，包括今商州区、丹风县、商南县、山阳4县，因商山而得名。早在前351年，秦国就在这里修了城，地址在今丹凤县城西2·5千米古城岭子，系商洛最早之城池，南北长1500米；东西宽1000米。出土文物带有“商”字的瓦当，确认系前340年秦封给商鞅之封邑。商鞅变法，使秦国出现了政通人和的兴旺景象，秦孝公为表彰商鞅变法之功而封地15邑。但秦太子驷继位后，听信谗言，诬鞅诲法，并车裂商鞅于郑（今华县）。

西汉（前206—24年）

地属弘农郡，隶司隶校尉部，郡辖区相当于今河南省黄河以南、伊河以西及淅川、丹江流域。其治所在弘农（今河南灵宝虢略镇北），领11县，在陕西境内的上洛、商县两县，即大体相当于现今的商洛地域。上洛这一地名，因居洛河上游故名，战国时即有。汉朝忌水，将上洛改为上雒，这是用“雒”字的开始。包括今商州区、洛南县两地。今丹风、山阳、商南3县时为商县。旬阳县北部（今镇安、柞水县东南部）是汉中郡辖区；杜陵县南部：（今柞水县西北部）是京兆尹辖区。

东汉（25—220年）

地属京兆尹，仍隶司隶校尉部，辖区相当于今关中平原西安以东、渭南及商洛地区。尹治设在长安，仍领10城，其中上洛、商两县的地域和今商洛地区大体相当。

三国（220—265年）

地属曹魏之京兆郡，正始五年（244年）设，治所在长安，领11县。仍称上洛县，魏文帝曹丕又将上洛的“雒”字改为“洛”字。辖今商州区、洛南两地。

西晋（265—316年）

地属司州，辖区相当于今河南省部、中部、西部和山西省西南部及陕西省商洛地区。州治设在洛阳，领12郡。泰始二年，晋武帝分京兆南部置上洛郡，治所在上洛，领上洛、商、卢氏三县（卢氏今属河南省）。

南北朝（317—589年）

南北朝时期，中国呈分裂局面，行政建制混乱。郡县朝设夕废，统属复杂。由东晋开始的南朝，在辖区的北部侨设了上格的州、县，用的是上洛的地名，以安置南迁的上洛的百姓，包括上洛的巴民。这里不详叙。北魏时属洛州。太延五年（439年）于上洛城设荆州，太平真君二年（441年），上洛县北部划设拒阳县，太和三年（479年）将荆州迁往卢氏。太和十一年（487年）又迁往襄阳，撤上洛郡，于上洛城设立洛州，领5郡，其中3郡属今商洛：上洛郡，领上洛、拒阳2县；上庸郡，领商（今丹凤）、丰阳2县；苌和郡，领南商1县，即今商南。

西魏时属洛州和雍州管辖。洛州治所设上洛，领上洛郡（今商州区）、拒阳郡（今洛南县）、上庸郡（今山阳县西北部、镇安县及柞水县东南部）、商县（今丹凤）及山阳漫川、商南县。柞水西北部属雍州管辖。

北周宣政元年（578年）改洛州为商州；治所设上格（即今商州城）领上洛郡（含今商州、山阳、丹凤；商南4县及镇柞部分地域）；拒阳郡（今洛南地）。

隋代（589—618年）

开皇三年（583年）撤上洛、上庸两郡，保留商州；大业三年（607年）撤商州复设上洛郡，治所仍设上洛，领上洛县（今商州区）、商洛县（商洛即从前的商县，隋文帝改称商洛，这是“商洛”二字连用起来称呼地名的开始），洛南县、丰阳县（今山阳、镇安县及柞水县东南部）上津县（今湖北省境内）5县；大兴县东南部（今柞水县西北部）仍属京兆郡管辖。

唐代（618—907年）

武德元年（618年）改上洛郡设商州，贞观元年（627年）划归山南道，开元二十五年归山南西道。天宝元年（742年）撤商州又改为上洛郡，乾元元年（758年）撤上洛郡再改为商州，治所设上洛，领上洛（今商州区）、商洛县（今丹凤、商南两县）、洛南县（今洛南）、丰阳县（今山阳）、乾元县（今镇安及柞水县东南部）、上津县（今湖北省境内）。今柞水县西北部属京兆府。

五代十国（907—979年）

五代十国的行政建制沿用唐制，但由于分裂割据，各国疆域均不辽阔，道一级遂废，为州（府）统县的二级制。当时陕南东部经历了后梁（907一923年）、后唐（923—936年）、后晋（936—946年）、后汉（947—950年）、后周（951—960年）等5个期代。后梁时，商州领上洛、商洛、丰阳、乾元、上津5县；洛南县改属华州；万年县东南部属京兆府。后汉时，商州领上洛、商洛、丰阳、上津4县；南县仍属华州；乾佑县（949年改乾元县为乾佑县）、万年县东南部属京兆府。后周时，商州领上洛、商洛、洛南、丰阳、上津5县；乾佑县、万年县东南部属京兆府。

北宋、金、南宋（960—1279年）

北宋时，商州初属陕西路，后属永兴军路，治所设上洛，领上洛、商洛、洛南、丰阳、上津5县。金、南宋时，商州属金国京兆府路。金贞元二年（1154年）将商洛、丰阳两县降为镇，并入上洛、洛南两县；咸宁县东南部属京兆府；旬阳县西北部（今镇安县）属金州。金元光二年（1223年）五月改属河南路。领上洛（今商州区、丹风、商南、山阳4县及柞水县南部），至元元年（1264年）废上洛县，以州代县，由州直辖，定名商州。辖地包括今商州、丹凤、商南、山阳及柞水县南部，并统领洛南县地。

元代（1279—1368年）

商州先属安西路，后属奉元路管辖。元代实行省、路、府、县四级行政建制，商州下领洛南l县，原来的上洛为在郭，仍不另设县，由州直管，商州所辖的地域和今天大体相当。

明代（1368—1644年）

地属西安府，时称商州，辖今商州区、丹风县两地。明洪武七年（1374年）五月，降商州为县制。成化十三年（1477年）三月复升为州，领洛南、商南、山阳、镇安4县。天启元年（1621年）为避明光宗朱常洛名讳，又改“洛”为雒”。

商洛有闯王建立政权的记载。祟帧十六年（1643年）十月，闯王军攻占了商州，第二年在西安建立大顺朝，称永昌元年，派鲁大儒为商州牧，给山阳也派了县令（其它各县不详）。永昌二年正月，闯王政权结束。

清代（1644—1911年）

雍正三年（1725年）升为直隶商州，直属陕西省，领商南；雒南、山阳、镇安4县。乾隆四十七年（1782年），析咸宁、蓝田、镇安3县之地置孝义厅，属西安府，这是柞水县的前身。

中华民国（1912—1949年）

民国二年（1913年）废州改设商县（辖今商州区、丹风县西南部）、洛南县（今洛南及丹风县东北部）、柞水县（今柞水县西部及镇安县东北部）3县，属关中道；山阳、商南、镇安3县，属汉中道。民国二十二年（1933年），撤销道制，以省直接领县。民国二十四年（1935年）在商县城设第四行政督察专员公署，辖商县、雒南、商南、山阳、镇安、柞水6县，一度管辖蓝田县。是年在龙驹寨成立设置局。

中华人民共和国（1949年—）

1949年5月，商洛地区各县陆续解放，在商县设置陕甘宁边区陕南行政主任分署第工分区，辖商县、雒南、商南、丹凤、山阳、镇安、柞水7县。1949年7月13日，商县人民政府成立。1950年，改名陕西省商洛分区专员公署，仍辖以上7县。1955年，将县人民政府更名为“县人民委员会”。1958年12月，撤销丹风、柞水两县（丹风分属商南和商县辖，柞水与镇安县合并），商洛地区辖商县、洛南、商南、山阳、镇安5县。1961年10月又恢复为7县。1964年9月，因“雒”字生辟，经国务院批准，改“雒”为“洛”，时称商洛专区，行政公署驻商县城。1968年，商洛专员公署改称为“商洛专区革命委员会”，各县人民委员会易名为“县革命委员会”。1969年，商洛专区革命委员会改名为“商洛地区革命委员会”，1978年；更地区名为商洛地区行政公署。1981年元月，改县革命委员会为县人民政府。1988年6月，经国务院批准，改商县为商州市。2002年1月，经国务院批准，改商州市为商州区。

2020年2月27日，陕西省人民政府批复同意，正式退出贫困县序列。