截至2025年3月，山西医科大学设有3个校区，分别为中都校区、迎泽校区、川至校区，占地总面积1422亩，建筑面积71万平方米。

中都校区

山西医科大学新校区（中都校区）位于山西省晋中市榆次区大学街98号，该校区于2013年9月9日正式投入使用。该校区规划总用地面积达到1138·06亩（约72万平米），总建筑面积为39·69万平方米，包含建筑共计45栋。作为山西医科大学的主要校区，这里主要承担学科基础教育任务

山西医科大学(中都校区)

山西省晋中市榆次区大学街98号

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迎泽校区

山西医科大学迎泽校区位于山西省太原市迎泽区新建南路56号。校区校园设施完善，包括地下车库、学生食堂、体育馆以及操场看台。这些项目的总建筑面积约为7·5万平方米，其中地上部分占地约2·3万平方米，而地下部分则占地约5·2万平方米。

山西医科大学(迎泽校区)

太原市迎泽区新建南路56号

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川至校区

山西医科大学川至校区位于山西省太原市杏花岭区五一路382号，川至校区学生在第二医院实习。