邵阳市应急管理局局机关设办公室、政工科、政策法规科（加挂宣传教育科牌子）、应急指挥中心、风险监测和综合减灾科、救援协调和预案管理科、火灾防治管理科、防汛抗旱科、工贸行业监督管理科（加挂露天矿山安全监督管理科牌子）、地下矿山安全监督管理科（加挂地震和地质灾害救援科牌子）、危险化学品安全监督管理科（加挂烟花爆竹安全监督管理科牌子）、安全生产综合协调科、救灾和物资保障科、规划财务科、调查评估和统计科、机关党委等16个科室。

下属二级机构为市安全生产执法支队、市地震局、市应急救援中心和市矿山救护支队。