根据上述职责，内江市环境保护局设5个内设机构：

（一）办公室。

协助局领导处理机关政务，协调机关日常工作；负责文秘、档案、机要、保密、政务公开、行政接待、会议会务、爱国卫生、安全保卫等工作；负责环境保护电子政务和信息管理工作；负责拟订并组织实施局机关事务管理各项规章制度；负责局机关基本建设和行政后勤工作；组织协调重大环境保护专题调研；组织办理人大代表、政协委员的议案、提案等工作。承担市突发环境事件应急指挥部办公室的具体工作；组织拟订我市重特大突发环境事件和生态破坏事件应急预案并监督实施；负责重特大突发环境事件应急、信息通报及应急预警；负责组织协调重特大突发环境事件和生态破坏事件应急处置及损失评估；负责环境来信来访；拟订和实施环境保护督查制度；负责环保系统挂牌督办和机关内部交办事项的督办工作。组织开展环境保护政策、法律和环保科普知识宣传教育；承担新闻发布工作，总结推广环境保护先进典型和社会表彰。

（二）法制管理与农村生态科

组织起草我市环境保护政策草案；监督检查环境保护法律、法规、规章的贯彻执行；组织开展环境保护行政执法监督、行政处罚审查、行政听证、行政复议、应诉和行政调解工作；组织开展环境保护政策调研。负责指导、协调、监督农村环境保护工作；组织编制并实施农村污染防治规划；组织协调农村和农业面源污染防治工作，监督管理农村集中式饮用水源保护区、小流域和湖库污染、村镇生活污染、养殖污染、土壤污染防治等工作；指导生态乡镇、生态村等农村生态建设示范区创建工作。拟订生态保护规划，组织评估生态环境质量状况，监督重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调、监督管理各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；协调监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；负责生物多样性保护、生物技术环境安全的监督管理工作；指导有机食品发展、生态示范创建与生态农业建设；承担市生态建设领导小组办公室的具体工作。

（三）污染防治与科技标准科（挂污染物排放总量控制与监测科牌子）

贯彻执行污染防治法律、法规、规章和政策，拟订并组织实施全市污染防治规划；建立和组织实施跨市（州）界水体断面水质考核制度；负责水体、大气、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品和机动车等污染防治的监督管理；组织实施污染源限期治理工作；负责城市集中式饮用水源保护区的监督管理；负责危险废物经营许可、进口固体废物和有毒化学品的预审、机动车污染防治等环境管理；负责城市环境综合整治定量考核，指导环境保护模范城市创建工作；负责绿色信贷、上市公司环保核查工作；会同有关部门组织开展强制性清洁生产审核和监督工作，协同有关部门推行循环经济工作。监督管理国家及市环境标准的执行；推动环境技术管理体系建设；承办环境污染治理设施运营资质证书审查工作；参与指导和推动循环经济和环保产业发展。组织实施环境质量监测、污染源监督性监测、环境应急和预警监测以及各种专题调查普查；组织调查评估全市环境质量状况并进行预测预警；协调指导其他部门开展环境监测工作；建立和实行环境质量公告制度；组织编报全市环境质量报告书，组织编制和发布内江环境状况公报；指导全市环境监测队伍建设和业务工作。

（四）建设项目管理与核辐射科（挂行政审批科牌子）

贯彻执行规划、建设项目环境影响评价、环境保护“三同时”等法律、法规、规章和制度；负责规划和建设项目环境影响评价文件的审查审批；负责建设项目竣工环境保护验收；负责对环境影响评价资质证书持证单位进行日常监督；负责环境影响后评价工作；承办其他行政审批事项。组织实施核与辐射安全环境保护法律、法规、规章，负责省环保厅委托核技术应用建设项目环境影响评价文件审批、“三同时”监管；负责辐射安全许可管理，组织实施辐射安全监督检查；负责辐射环境监测；协助环境保护厅开展辖区内放射性物品运输监管；组织制订并实施本市核与辐射应急预案；负责核与辐射事故及投诉的调查处理，参与核与辐射恐怖事件的防范与处置工作。

（五）规划财务与人事科