根据上述职责，成都市新都区环境保护局设6个内设机构：

（一）成都市新都区环境保护局办公室

负责工作目标、文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、后勤等工作；负责办理人大代表建议和政协委员提案；负责环境保护目标责任制检查的组织工作；负责组织贯彻执行机关各项规章制度；负责起草综合性环保文件、重要讲话材料；负责归口管理环保局系统环境保护行政奖惩和开展环境保护行政管理体制改革及规范化建设；承担环境保护新闻发布的组织工作；负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理和离退休人员管理工作;负责局机关和直属单位的党务、工会、共青团、妇联等群团组织工作；承担区环境保护委员会办公室的日常工作。

（二）成都市新都区环境保护局法规宣教科（挂环境稽查科牌子）

贯彻执行国家、省、市有关环境保护的方针政策和法律、法规、规章并监督检查；负责环境保护行政执法监督、行政复议和行政应诉工作；牵头组织环境保护执法检查，负责环境保护行政稽查，牵头组织查处本区重大的、以及跨行政区域的环境违法行为；组织开展全区重大环境问题和环境保护政策的调研；拟订并组织实施环境保护宣传教育规划；负责对外环境法制宣传教育和本系统的普法宣传教育工作。

（三）成都市新都区环境保护局财务科

负责提出环境保护领域固定资产投资规模、方向和环保资金安排意见，参与管理环保专项资金；负责局机关和直属单位预决算、政府采购监督管理、固定资产管理和财务监督审计工作。

（四）成都市新都区环境保护局污染管理科

拟订全区污染防治规划并组织实施；监督管理全区水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品等的污染防治管理工作；组织实施污染源限期治理工作；监督管理城市集中式饮用水水源地环境保护工作；监督管理危险废物、进口固体废物和有毒化学品等持证企业；负责城市环境综合整治定量考核工作；负责企业环保核查工作；会同有关部门组织开展强制性清洁生产审核工作；协同有关部门推行循环经济工作。组织拟订全区重大突发环境事件应急预案并组织实施；负责重大突发环境事件和生态破坏事件的组织协调、应急预警、处置、信息通报及损失评估。贯彻执行国家核安全与辐射安全政策、规划和技术标准；负责辐射环境事故应急处理工作；负责核设施、核技术应用、放射源、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作；监督管理核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检测活动；参与反生化、反核和辐射恐怖袭击工作；负责全区核与辐射监察工作。落实国家和省、市主要污染物排放总量控制制度；负责污染物排放总量控制、环境统计和污染源普查工作，组织编制并发布环境统计年报和统计报告；组织测算并确定重点区域、流域的环境容量；参与研究实施污染物总量减排的环境经济政策；负责审核涉及增加排放主要污染物总量新上项目的总量指标。

（五）成都市新都区环境保护局自然生态保护科

组织编制全区环境保护规划、环境功能区划和饮用水水源地环境保护规划；参与拟订全区主体功能区划和与环境保护相关的经济、技术、资源配置及产业政策。负责全区环境保护科学研究、技术成果、示范工程的管理及推广应用工作；推动和规范我区环境管理体系及环境标志认证；组织实施环境保护国家标准和地方标准；组织全区环境监测网站的规划与建设；组织管理全区环境质量监测、污染源监督性监测、环境应急和预警监测；组织编制全区环境状况公报和环境质量报告书；负责全区环境保护国际合作与交流；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外的环境保护事务；参与拟订环保产业政策、规划，指导和推动全区环保产业发展；监督管理环境工程工艺设计证书持证单位。组织拟订和实施全区生态保护规划，组织评估生态环境质量状况；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；承担生物多样性保护、生物技术环境安全的监督管理工作；指导生态乡镇、生态村等农村生态建设示范区创建工作；指导、协调、监督农村环境保护工作；组织协调农村和农业面源污染防治工作，监督管理乡镇以下（含乡镇）集中式饮用水源保护区、小流域和湖库污染、村镇生活污染、养殖污染、土壤污染防治等工作；负责环境保护模范城市创建和省级国家级生态区创建工作；依法对全区机动车污染防治实施统一监督管理；承担生态区建设领导小组办公室的日常工作。

（六）成都市新都区环境保护局建设项目环境管理科(挂行政审批科牌子)

按规定审批建设项目环境影响评价文件，审查全区重大开发建设区域、综合性规划、专项规划的环境影响评价文件；负责建设项目环境监理和竣工环境保护验收工作；负责核与辐射建设项目“三同时”管理工作；监督管理在本区开展环境影响评价的持证单位；负责环境影响后评价工作；承办区政府公布的有关行政审批事项。