北塔法轮寺建于清崇德八年（公元1643年）癸未仲春，顺治二年（公元1645年）乙酉仲夏告竣，是当时绕盛京城东、西、南、北四塔之一。据寺内碑文记载：“盛京四面各建庄严宝寺，每寺大佛一尊，左右佛二尊，菩萨八尊，天王四位，浮图一座，东为慧灯朗照，名曰永光寺；南为普安众庶，名曰广慈寺；西为虔祝圣寿，名曰延寿寺；北为流通正法，名曰法轮寺。”四塔寺象征四大金刚威震四方，护国安民，保护“国无灾”，“五福齐来”。

归属清王朝的北塔法轮寺，建成后作为喇嘛教活动圣地，很快便成为四塔寺中香火最旺的一座。乾隆四十三年（1778年），乾隆皇帝驾临法轮寺礼佛，亲书“金镜周圆”匾额，并题诗：“圣建四堵，斯惟城北隅。欲因示蒙古，讵止事浮图。是日亲瞻相，当年缅创模。法轮演国语，永佑旧京都。”据史料载，乾隆时隔五年再次驾临北塔法轮寺，其后嘉庆、道光诸帝均来此游历。沐浴在清王朝恩泽的北塔法轮寺是现存四塔寺中保存最完整的一座寺庙。