2010年成为国内首家通过jci国际医院认证的儿童专科医院。

2017年医院获批成为国家儿童医学中心。

2018年问鼎上海市政府质量金奖。

2019年国家卫健委绩效“国考”中位列全国儿童专科医院第一。

2020年国家卫健委绩效“国考”中蝉联全国儿童专科医院榜首。

2020年9月，上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心检验科核酸检测团队被授予“上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。

2022年4月，上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心团委被共青团中央授予全国五四红旗团委称号。