根据上述职责，钦州市食品药品监督管理局内设8个机构。

办公室

组织协调局机关日常工作；负责文电、会务、机要、档案等工作；承担信息、安全、保密、信访、新闻发布、宣传、督办查办、综合治理、提案建议办理、政务公开、信息化建设、突发事件应急处置等工作；负责局机关后勤服务、安全保卫、行政接待等工作。

人事科（财务科）

负责局机关的机构编制、人事劳资和直管干部的考核、任免、奖惩和档案管理、计划生育、职称和外事行政工作；指导局机关和直属单位干部队伍建设，制订本地区食品、药品、保健食品和化妆品监督管理人员培训规划和规章制度并组织实施；协助有关部门开展专业技术人员职称评定和执业药师、驻店药师管理工作；监督实施相关涉药从业人员资格准入制度；负责局机关和直属单位的党群工作、思想政治工作和离退休人员工作。

负责局机关财务工作，承担部门基本建设规划、装备计划编制、部门内部审计、国有资产管理工作；组织实施财务监督管理、部门预算、决算编制工作；负责政府采购计划的编制及审核。

餐饮安全监管科

承担餐饮服务环节食品安全的监督管理工作；监督实施餐饮服务食品安全管理规范；承担餐饮服务环节食品抽样检验、食品安全状况调查和监测工作；依法组织查处餐饮服务环节食品安全违法行为，依法处置餐饮服务环节食品安全事故；指导协调重大活动餐饮食品安全保障工作。

保健食品化妆品监管科

负责保健食品、化妆品卫生监督管理工作；监督实施保健食品、化妆品生产经营管理规范；监督实施国家保健食品、化妆品标准和技术规范；负责保健食品、化妆品的监测和不良反应事件的风险评估工作；监测保健食品广告、发布与保健食品和化妆品安全监管有关信息的工作；依法组织查处保健食品和化妆品生产、流通的违法行为；处置保健食品和化妆品安全事故。

综合业务监管科

监督实施药品研制、生产、使用方面和医疗机构制剂配制等质量管理规范；承担特殊药品和医疗器械的监督管理工作；协助上级部门做好药品、医疗器械注册工作，监督实施药品、医疗器械、卫生材料的法定标准，监督实施药品不良反应和医疗器械不良事件监测，配合上级部门开展药品、医疗器械再评价工作；配合有关部门实施国家基本药物制度；监督实施中药、民族药监督管理规范和中药保护制度；监督检查医疗器械广告。依法组织查处药品、医疗器械研制、生产、使用和医疗机构制剂配制方面的违法行为；处置药品研制、生产、使用和医疗机构制剂配制方面的安全事故。负责餐饮业、食堂等消费环节的索证索票等检查工作，加大对盐酸克伦特罗等可作为“瘦肉精”原料的人用药品流通的监管力度。

药监科

监督实施药品经营质量管理规范；监督实施处方药和非处方药分类管理制度和药品召回制度；承担药品违法广告监测工作；负责互联网药品信息服务和交易行为的监督工作；负责医疗机构药品使用质量监管和指导药房规范化管理；负责农村药品监督网、供应网建设管理工作。依法组织查处药品流通、使用的违法行为；处置药品流通、使用方面的安全事故。

政审科

负责餐饮服务许可、保健食品、化妆品卫生许可、药品经营许可和医疗器械经营许可的受理、审批和发证工作。

稽查科（政策法规科）

受理餐饮服务食品安全和保健食品、化妆品、药品、医疗器械等的研制、生产、流通、使用方面的投诉、举报；组织查处餐饮服务食品安全和保健食品、化妆品、药品、医疗器械等的研制、生产、流通、使用方面的重大案件和违法行为；负责相关突发安全事件的应急处置和监督产品召回工作；指导和监督本系统的稽查执法工作；组织实施餐饮服务食品、药品、医疗器械、保健食品、化妆品等有关抽验工作，并发布质量公告。

承担有关规范性文件的审核；承担行政处罚案件的审核、行政复议、行政应诉、听证和国家赔偿等工作；承担本系统法制建设工作。