2017年11月，上海市同仁医院获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。

2020年9月，上海市委、市政府决定，授予其“上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。

2021年4月，获得云南省脱贫攻坚先进集体荣誉称号。

2021年7月，上海市同仁医院党委被评为“上海市先进基层党组织”。

2021年10月，被授予“2021年上海市五一劳动奖状”称号。