科学研究

三门县博物馆根据该馆编制少，工作人员不多的实际情况，采取分工不分家，有什么研究课题，灵活抽调组成。配有手提电脑2台，gps定位系统2台，数码照相机2台，测距仪2台。另有三门县1:1万纸质地形图、电子地形图和数字正摄影像图。第一、二次历史文化遗产普查，通过调查研究对全县有重要价值的历史古迹，筛选、申报列入省级重点文物保护单位1处；列入县级重点文物保护单位29处；列入县级文物保护点24处；文物信息点83处。邵家村黄山占葉群发掘出土汉代、六朝、宋代等文物114件。

宣传教育

三门县博物馆利用各种契机，组织工作，下到各个乡镇，将文物保护知识宣传到每个乡镇，并耐心细致地向村民解释文物法和有关知识。进一步建立和健全文物志愿者和业余文保员制度，加大在农村地区宣传文物保护相关法规法律的力度，增加保护文物的自觉意识，激发他们的爱国主义感情和民族自豪感。通过报纸、电视、广播、张贴横额条幅等手段，来加大各大专题宣传力度，提供历史资料，制作宣传史迹版面。编印《亭旁起义》相册，协助拍摄制作“浙江红旗第一飘”的影视专题片，整理刊书《三门文史资料》三辑，以及《三门县革命文化史料选编》《三门县革命诗文书信文献大集》《包定烈士诗抄》等。

交流合作

三门县博物馆十分重视交流合作。采取“请进来”方法，邀请到上海书画院、新江美院等17位名家教授，来三门县博物馆前身三门县文物馆，泼墨挥毫，留下了不少珍贵墨宝。采取联办合办形式，分别与浙江省书法家协会等在杭州举办《章梫书画展》；与台州市纪委等单位举办两次《反腐倡廉大型展》。