根据上述职责，市科技局内设7个职能科室。

（一）办公室

负责局机关后勤工作；管理全系统行政经费、自然科学事业费、科技三项经费；负责机关财务、接待工作。

（二）政工科

负责全系统综合协调、党务、政务、人事、文秘、扶贫、实绩考核、工青妇、体制改革等工作。

（三）农牧业科

负责全市农牧业项目的筛选、审核、论证、立项、申报工作，并组织实施、检查、指导；负责国内外先进农牧业新技术、新成果、新材料的引进、试验、示范工作；负责全市农村牧区科技培训工作；负责农牧业科技园区的认定、管理工作；负责农牧业科技方面的调查、统计、规划编制等工作；组织、牵头农牧业科技特派员工作的规划、计划、总结、督促、指导、协调等工作。

（四）高新技术产业科

研究全市工业领域高新技术发展及产业化的政策措施；组织提出工业领域高新技术发展规划和计划；组织实施国家、自治区和全市科技攻关计划、工业领域科技项目、高新技术园区、高新技术产业开发区和工业科技园区的有关工作；组织、牵头企业科技特派员工作的规划、计划、总结、督促、指导、协调等工作。

（五）技术市场管理科

贯彻实施有关技术市场的法律、法规，管理监督全市技术贸易机构，进行年度检查，培育全市技术市场，发展科技中介组织，帮助民营科技企业和各类民营科技服务组织的建立和审核，对各类技术贸易机构实行监督检查，规范服务功能和质量，检验技术贸易证书，管理、指导社会领域的科技工作；承担社会领域的医药卫生、节能减排、循环经济方面的科技工作以及协调、联系863计划的组织、申报、管理工作；负责自然科学基金计划及基础研究规划方面的工作。

（六）知识产权科

贯彻执行国家关于知识产权有关工作的方针政策、法律法规，研究提出加强我市有关知识产权保护工作的措施办法；做好有关知识产权必要的协调工作；研究制定我市专利工作发展规划和专利信息网络规划，并组织实施；负责全市专利转让、专利贸易许可，专利权质押，员资格的审报；组织推动《中华人民共和国专利法》及有关法规的宣传普及工作；制定有关专利工作的教育与培训规划；负责有关专利和知识产权的统计和档案管理等工作；负责全市科技奖励工作。

（七）计划成果管理科

研究全市科技发展战略，编制全市中长期科技发展规划和科技项目计划；负责全市各类科技计划的协调和配置；负责各类科技计划的呈报、下达、汇总、验收、统计；负责全市科技成果的鉴定、验收、评审、登记。