1998年，宿迁经济开发区开始筹建；同年4月，宿迁市人民政府一届三十一次常务会议审议通过筹建开发区的决议，同意财政拨款30万元为开办费，财政借款1000万元用于启动区建设。以原宿城区双庄乡古城村村部作为筹备机构的临时办公点；同年6月，中共宿迁市委同意成立中共宿迁经济开发区工作委员会和成立宿迁经济开发区管理委员会。同时撤销宿迁市经济开发区筹备领导小组；7月，成立宿迁市经济开发总公司。

2013年，经开区升格为国家级经济技术开发区。