学校源于始创于1927年秋的江苏省宿迁中学，历经沧桑，力争最优。

在校内，矗立着一处省级文物保护单位——宿迁孔庙大成殿。宿迁孔庙又名黉学、学宫，为庙学合一的场所；历经风雨，于明崇桢八年（1635年）迁建至此。

2001年，根据国家级示范性高中的建设要求，学校积极推进初高中分设，筹建了以宿迁中学为依托的民办公助形式的“宿迁市钟吾初级中学”，并于5月26日正式挂牌。校长张云才任钟吾初中董事长，副校长徐德志任钟吾初中首任校长。

2006年6月5日，被授予江苏省文物保护单位。学校始终牢固树立“以人为本”的办学理念，自觉执着地追求文化办学，并从文化传承发扬做起，提炼特色鲜明的校园儒家文化。

2006年9月江苏省宿迁中学整体搬迁至新校区，原址由钟吾初级中学即宿迁中学初中部继承。

2017年，学校迎来扩建，凤凰涅槃，浴火重生。宿迁中学老校区的整体改造将孕育钟吾初中更加美好的未来。

2019年学校改扩建工程基本完工，改造后的校园占地总面积达到199亩，总建筑面积86648平米。