遂宁市审计局内设11个机构和经济责任审计分局：

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担财务、安全保卫、信访、保密、宣传、接待、绩效管理、政务公开、车辆管理、社会治安综合治理等工作；制定全市审计工作计划；起草机关管理方面的综合性文件；指导全市审计情况综合分析、信息反馈等工作。编发审计信息；负责编写《遂宁审计志》、《遂宁市审计局大事记》、《审计年鉴——遂宁篇》等工作；指导、监督所属单位的财务收支；指导县（区）审计机关办公室工作。

（二）法规科

承担市政府有关规章草案的调研、起草、协调、报批工作；提出推进全市审计工作法治化、规范化、科学化的意见建议；对有关规范性文件的合法性进行审核；按规定召开审计听证会；承办市人大建议、市政协提案；参与研究制订财政经济方面的规定和政策，审理有关审计业务事项；承担机关规范性文件的合法性审核工作；实施审计行政执法和审计业务质量的监督检查，监督审计决定的执行；跟踪落实审计整改情况；负责优秀审计项目的评选工作；牵头起草审计结果报告、审计工作报告及审计发现问题的纠正和处理结果报告；处理举报事宜，实施对局机关各业务科室和下级审计机关行政执法的监督检查；复核、审核机关的审计报告和审计决定；承担市审计局行政复议、行政应诉等工作；组织重大审计事项审定会；受理审计行政复议和应诉；综合考核市局及县（区）审计机关业务工作；指导全市审计整改工作；组织实施普法、依法治理等工作；指导全市审计机关的法制法规工作。

（三）内审监督与外资审计科

负责指导、监督内部审计工作；指导管理内部审计师协会、审计学会等；组织协调对社会审计机构依法属于审计机关审计监督对象出具的相关审计报告核查工作。负责审计国际组织和外国政府在市援助、贷款和赠款项目的财务收支和项目执行情况；开展相关专项审计和审计调查；指导全市内审工作和外资审计业务。

（四）财政审计科

负责审计市级财政预算执行情况、财政管理的预算外资金的收支情况和使用情况；负责审计其他财政收支及税收征管、市国库办理市级预算资金的收纳拨付情况及区人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况；开展相关专项审计调查；指导全市财政审计工作。

（五）行政事业审计科

负责审计市级人大机关、政协机关、法院机关、检察院机关、政党组织、社会团体的财务收支；负责审计市级政府有关部门及所属单位的财务收支；开展相关专项审计和审计调查；指导全市行政事业审计业务。

（六）农业与资源环保审计科

负责审计市政府主管部门管理的、其他单位受市政府或市政府主管部门委托管理的农林、水利、资源能源和生态环境保护资金、扶贫开发和大中型水库移民资金等；开展相关专项审计和审计调查；指导全市农业与资源环境保护审计业务。

（七）投资审计科

负责审计市政府投资和以市政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算、市管国家重大工程项目资金的筹集、使用情况；组织对市管其他国家建设项目和市属国有及国有控股施工企业、房地产业的审计监督；开展相关专项审计和审计调查；指导全市投资审计业务。

（八）企业金融审计科

负责审计市属国有及国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益，组织实施对其他国有及国有资本占控股或主导地位企业的审计监督；依照法律、法规规定或市政府要求对其他企业进行审计监督；负责审计市属国有金融机构、市属国有资本占控股或主导地位金融机构以及审计厅授权或统一组织的国家金融机构的资产、负债、损益；负责审计市属国有担保公司、政府性融资平台公司；承办市政府授权的金融审计监督事项；开展相关专项审计和审计调查；指导全市企业、金融审计业务。

（九）社会保障审计科

负责审计市政府主管部门和其他单位受市政府或市政府主管部门委托管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支；开展专项审计和审计调查；指导全市社会保障审计业务。

（十）综合信息化建设科

负责编制全市审计项目计划，组织填报全市审计业务统计工作；检查审计项目计划的执行；负责全市审计机关网络建设和办公自动化建设；组织协调全市“金审工程”项目实施工作；开展计算机审计和辅助审计业务；指导跟踪了解被审计单位财务电算化状况；建立宏观经济信息、审计项目档案、财经审计法规、人力资源等数据库；组织全市审计机关计算机审计软件的开发、应用、推广和培训；负责局机关计算机、网络的管理维护工作；指导全市计划、统计信息化建设与管理工作。

（十一）人事教育科

承担局机关及直属单位的机构编制、人事管理、工资福利、教育培训、计划生育、出国（境）人员政审和审计专业技术职称考评等工作；承办协管县（区）审计机关负责人的有关事项；联系特约审计员和审计监督员；组织和指导全市审计系统的教育培训工作；负责机关离退休人员工作；承担机关党务和群团等工作。

经济责任审计分局（经济责任审计科）

组织实施对县处级领导干部、市属国有及国有控股企业法人以及依法属市审计局审计监督对象的其他单位主要负责人的经济责任审计，开展相关专项审计、审计调查，承担市经济责任审计工作联席会议的有关工作；组织指导全市任期经济责任审计工作。内设经济责任审计科。