绍兴市稽山中学的前身是绍兴的千年府学宫，学校内仍存府学宫遗址，为绍兴市文物保护单位。

1932年9月，爱国民主人士邵力子会同朱仲华、金汤侯、汤日新、徐柏堂等10位乡贤，共同出资创办了“私立绍兴中学”

1941年4月，日本侵略者包围绍兴城，绍兴沦陷期间，学校坚持在浙中南山区武义、景宁等地流亡办学，不少学生参加浙南游击队，投身抗日活动。

1950年初，周恩来担任稽山中学的名誉董事长。

1956年1月，学校改为公办，更名为“绍兴第二中学”。

1978年，绍兴县第二中学被确定为绍兴县重点中学。

1980年11月，正式恢复为“绍兴稽山中学”。

1981年5月，学校改称“绍兴市稽山中学”。

2005年，学校被省教育厅批准为“省一级重点中学”。