根据上述职责，市教育局设11个内设机构：

办公室

负责局机关文秘综合、会务、机要、档案等机关日常运转工作；综合协调局机关重要政务、事务和重大事件应急处理工作；负责重要会议、重大活动的组织协调安排以及会议议定事项的督办工作；承担信息、保密、人大代表建议和政协委员提案办理等工作。

人事科

负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理工作，指导全市教育人事工作；负责全市教师队伍建设，指导师范院校毕业生就业工作；协调指导学校人事分配制度改革工作；负责教师资格制度的实施工作；负责学校和局直属单位专业技术职务评聘和岗位设置管理工作。

计财基建科

拟订全市教育事业发展规划及年度计划；负责全市教育事业统计工作；负责大、中专学校专业设置、调整的审核工作；统筹协调并制定各级各类学校招生计划；会同有关部门制定教育经费的管理规定，协调和管理省、市下拨的各项教育专项经费；指导各县(市)区教育经费的预算、决算及财务管理工作；负责教育系统内部审计工作；制定全市教育基本建设总体规划，检查校舍维修建设质量；指导全市教育办学条件规范化工作。

语言文字与幼儿教育科

制定全市语言文字与幼儿教育发展规划；指导各级各类幼儿园的教育、教学和管理工作；负责推广普通话；组织普通话等级培训和测试；检查、指导国家语言文字标准和规范应用；负责一级幼儿园的验收工作；负责市级示范幼儿园和市级语言文字工作规范化示范校的评选工作。

基础教育一科

负责全市基础教育工作；制定九年义务教育发展规划，指导和推动九年义务教育的实施及巩固、提高工作；指导基础教育管理体制及教育教学改革；参与研究教育综合改革；指导中小学教学研究和科研活动；组织教育教学经验交流；指导初职教育、特殊教育、校外教育工作。负责综合管理全市民族教育工作，指导民族教育教学改革。

基础教育二科

负责管理市直普通中学、特殊教育学校的教育教学工作，指导其教学研究、科研活动、教育教学经验交流等工作。