根据上述职责，通辽市环境保护局设9个内设机构：

（一）办公室

（二）规划财务科

（三）宣教法规科

（四）科技监测科

（五）监督管理科

（六）污染防治科

（七）自然生态保护科

（八）核与辐射安全管理科

（九）环境影响评价科