根据上述职责，通辽市审计局设13个内设机构：

（一）办公室

（二）法制科

（三）财政税务审计科

（四）行政事业审计科

（五）农业与资源环保审计科

（六）固定资产投资审计科

（七）金融审计科

（八）经贸审计科

（九）社会保障审计科

（十）外资审计科

（十一）经济责任审计科

（十二）审理科

（十三）开发区审计分局