根据上述职责，市民族宗教事务委员会设3个内设机构：

（一）办公室

负责机关党务、政务、事务工作的综合协调和督办；协助领导处理日常事务；搞好机关服务和日常管理；承办委机关的文秘、信息、财务、工资、档案、保密、治安、后勤等工作。

（二）民族科

开展民族政策和民族法律法规的宣传教育；督促检查民族政策和民族法律法规的贯彻落实；组织开展民族问题的调查研究；协调处理民族关系中的重大事项，参与协调民族地区社会稳定、维护国家统一的工作；保障少数民族的合法权益；组织指导民族自治地方庆典活动，承办民族团结进步表彰活动；参与拟订民族地区国民经济和社会发展规划；促进建立和完善少数民族事业发展综合评价监测体系，推进实施民族事务服务体系和民族事务管理信息化建设；参与制定少数民族和民族地区教育、文化、科技、卫生、体育、新闻、出版的政策措施；参与少数民族语言文字工作和少数民族古籍整理出版工作；参与拟订少数民族人才队伍建设规划；联系少数民族干部，协助有关部门做好少数民族干部的培养、教育和使用工作；负责公民民族成份变更审核；做好散杂居民族和城市民族工作；参与涉及民族事务的对外宣传工作；负责全市清真食品生产企业监督管理活动；承办民族工作日常事务。

（三）宗教科

开展宗教政策和宗教法律法规的宣传教育；督促检查宗教政策和宗教法律法规的贯彻落实；组织开展宗教问题的调查研究；依法履行宗教事务管理职责，保护公民宗教信仰自由和正常的宗教活动，维护宗教界合法权益，促进宗教关系和谐；指导宗教团体依法依章开展活动；推动宗教团体在宗教界开展爱国主义、社会主义、拥护祖国统一和维护宗教和顺的自我教育；承担并办理宗教团体需由政府解决或协调的相关事务；会同有关部门，依法审批宗教活动处所的设立；依法管理宗教教职人员，负责宗教教职人员的认定审批或备案工作；负责宗教工作队伍和有关人员的培训工作；负责组织、指导有关部门和宗教界对外宗教交往活动，参与涉及宗教的对外宣传工作；贯彻落实朝觐工作政策，依法管理穆斯林朝觐工作；承办宗教工作日常事务。