根据上述职责，市科学技术局设4个内设机构：

（一）办公室

负责协调和督办机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、保密、信访、宣传、人事、财务、政务公开等工作；组织重大科技调研活动；承担科技创新体系建设和深化科技体制改革的有关工作；拟订科技政策，提出相关政策建议并监督执行；拟订并组织实施创新体系建设规划、科技人才队伍建设规划；组织有关综合性重要材料的起草、审核工作。

（二）工业与知识产权科

负责监督管理国家、自治区和吴忠市工业领域各类科技专项和科技计划的实施；会同有关部门开展高新技术企业、创新型试点企业、科技型中小企业认定工作；指导科技企业孵化器、生产力促进中心建设；负责知识产权法律法规和政策措施的宣传普及工作；开展专利行政执法，调解处理专利纠纷、查处假冒专利行为；承办知识产权违法案件举报投诉工作。

（三）农业与社会发展科

负责监督管理国家、自治区和吴忠市农业领域各类科技专项和科技计划的实施；承担国家和自治区农业科技园区科技创新体系建设工作；承办农业农村领域民生科技任务和科技扶贫工作；指导科技特派员工作；负责监督管理国家和自治区人口健康、生态环保、公共安全和社会管理等领域的科技专项、各类科技计划的实施；负责监督管理科技惠民计划的实施。

（四）防震减灾科

负责拟订防震减灾规划、地震应急预案和市区防震减灾年度计划；负责市区地震监测预报、震灾预防、紧急救援和科普宣传工作；负责市区地震行政执法工作；提供市区建设工程抗震设防确认服务。