根据上述职责，市环境保护局设4个内设机构：

（一）办公室

负责协调和督办机关日常工作；负责机关文电、会务、档案、财务、信息、人事、安全、保密、信访、政务公开、公务接待等工作；组织开展环境保护执法检查，指导环境监察和环境保护行政稽查工作。

（二）规划与环境影响评价科

负责拟订环境功能区划、环境保护综合性规划、专项规划；编制申报污染防治与环境保护项目；负责规划环境影响评价、建设项目环境影响评价管理工作；监督、协调环境影响评价、评估机构；组织实施环境保护科技推广和技术示范工程；指导管理环境技术管理体系建设和环境标志认证工作。

（三）污染防治控制科

组织实施环境保护目标责任制，对有关污染防治规划实施情况进行监督；拟订实施污染物排放总量控制计划，组织实施主要污染物排放总量控制、排污许可证制度；负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标；承担环境统计和污染源普查管理；负责建设项目和污染减排工程建设运行监督验收工作；负责协调指导突发环境事件的应急与处置，协调解决跨区域环境污染纠纷；组织评估环境质量状况并进行预测预警；指导环境监测工作；监督管理饮用水水源地环境保护工作；负责服务业环境保护管理工作；提出财政性资金安排建议和资金使用年度计划，并组织检查验收；负责拆除或闲置污染物处理设施申请的批准，对关闭、闲置、拆除城市生活垃圾处理设施场所及向大气排放转炉气、电炉法黄磷尾气、电石气、有机烃类尾气的申请进行核准；负责办理从事医疗废物集中处置活动申请工作。

（四）自然生态与农村环境监督科

监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；协调、监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治管理和各种类型的自然保护区、风景名胜区的环境保护工作；参与组织自然保护区的建立、晋级评审和报批的有关工作；参与开展生物多样性保护、生物遗传资源保护工作；组织开展全市生态状况评估；指导协调生态文明示范创建；承担环境保护领域的合作与交流的有关工作；指导农村环境保护工作；组织拟订农村土壤污染防治政策、规划，监督农村土壤污染防治工作；协调指导农村环境综合整治和农村生活源、农业面源的污染防治；负责规范性文件合法性审核、申报及报备工作。