2012年10月12日，厦门大学附属翔安医院建设厦大领导小组正式成立，厦门大学校长朱崇实担任组长。

2014年4月6日，医院举行开工奠基仪式。

2015年10月22日，厦门市人民政府明确医院业主为厦门市卫计委，厦门市负责基本建设，建成后作为厦门大学直属附属医院，并由厦门大学负责运营。

2016年8月25日，教育部复函同意医院作为厦门大学的直属附属医院。

2017年2月15日，厦门市人民政府与厦门大学正式签订《合作建设（共建）运营“厦门大学附属翔安医院”协议书》。

2017年8月12日，厦门大学党委组织部发文决定中共厦门大学附属翔安医院委员会成立。

2017年8月29日，厦门大学敦聘陈洪铎院士为医院院长。

2018年9月27日，福建省卫健委决定新增成立厦门大学附属翔安医院人体器官获取组织，其服务范围为厦门市、漳州市、龙岩市。

2018年12月7日，教育部高等教育司发布《关于国家临床教学培训示范中心认定结果的公示》，医院入选首批国家临床教学培训示范中心。

2019年4月6日，医院正式运营开业。

2023年8月，福建省卫生健康委员会发文确认厦门大学附属翔安医院为省级紧急医学救援基地。

2024年12月，福建省2024-2025年第一批次三级医院评审结果公示，厦门大学附属翔安医院被评为三级甲等医院。