1990年广州白云机场劫机事件：1990年10月2日，一架航班编号mf8301的波音737客机被劫持。该机在目的地广州白云机场着陆滑行时，劫犯攻击驾驶舱，致客机失控，撞毁两架停泊的飞机，造成128人死亡。（20世纪90年代初，全国范围内曾一度频发劫机事件；在这期间厦航客机也遭到数次劫持，其中除上述白云机场事件以外，余皆安全着陆，和平解决。）

2018年8月16日，厦航mf8667厦门-马尼拉航班，于北京时间23时55分在马尼拉国际机场降落滑行时，发生偏出跑道事件，机组人员迅速启动应急撤离程序，机上157名旅客和8名机组人员（机长为韩籍飞行员）全部安全撤离，初步报告无人员伤亡。事发时马尼拉国际机场有强雷雨，能见度2000米，风向280，风速11节，云底高540米。

2018年10月25日14点20分，驻藏空军某基地指挥所接到民航报告，厦门航空mf8411航班从重庆飞往拉萨，途中一边襟翼卡阻，无法减速，也上升不了高度。为确保安全，机组于拉萨机场上空盘旋减重。15点09分，该飞机对准跑道下降高度，成功着陆，机上88名旅客和机组人员平安。