2024年9月4日，有网友称乘坐厦门航空航班时，无意中发现厦航官方杂志内页广告居然出现了疑似代孕广告。旅客提供的图片显示，具体是一份封面带有“09”字样，名称为厦门航空的杂志（应为2024年9月刊）中，一张内页广告主题为“生育新主张”，为名叫泰东方国际的公司刊登，宣传词提到“无需经历十月辛苦，只享受美好的结果”“海外试管”“想什么时候生，就什么时候生”等。而也正是“无需经历十月辛苦”，让乘客怀疑，这是在暗示代孕“无需十月怀胎”，引发不少网友关注。

2024年9月5日，厦门航空方面回应称，目前已将相关杂志撤下，对于出现广告原因正在调查核实中。5日下午，泰东方国际工作人员回应称，“广告中没有写代孕，也没这个业务。中华文字博大精深，可能理解错了”。

美国东部时间2025年4月19日，一架原本即将交付给中国航空公司的厦门航空涂装波音737 max飞机遭“退货”，厦门航空及波音公司均未对此事做出回应。

2025年5月6日，多名网友在社交平台发文称，厦门航空mf802、mf816等多趟航班，均出现了在空中盘旋后才降落的情况。5月7日，厦门航空工作人员告诉极目新闻记者，从6日晚上到7日上午，有个大规模的天气预警，“昨天厦门有大暴雨，因为天气原因，部分航班确实出现了这个情况。”

2025年5月6日，有博主发视频称，乘坐厦门航空从深圳宝安飞往上海虹桥的mf8318航班时，遭遇了“免费降舱”的情况，即从商务舱降等到经济舱。他选择取消值机，并改签到次日航班的商务舱，在机场的安排下入住了酒店。5月8日，厦门航空公司客服表示，mf8318航班确实存在降舱的情况，系天气原因所致，航班机型调整，更换后的机型没有商务舱，因此所有原订商务舱的乘客都更改为了经济舱，旅客可免费改签到临近航班商务舱。至于是否已给涉事旅客赔偿，其称将向上级反馈核实。

2025年6月，有网友发布视频称，此前在搭乘厦航mf8229航班时，发现有乘客多次摘下口罩吸食电子烟。曝光于网络的视频显示，一位坐飞机靠窗座位上的男乘客手拿一支形状似电子烟的物品，回头看了一眼后，扯下口罩放进嘴里吸，视频未见明显烟雾。针对该情况，6月19日，厦航官方客服表示，在飞机上不可以吸食电子烟，这种情况是绝对禁止的，这确实是属于非常严重的安全问题，厦航对该情况非常重视，会交由上级部门去调查核实，后续也会持续提升服务质量。（主词条：5·21厦航乘客机上吸电子烟事件）