厦门市社科联领导机构由委员会、常务委员会构成。第八届委员会（截至2025年）设主席1人、常务副主席1人、驻会副主席2人，兼职副主席12人，秘书长1人。党组由党组书记潘少銮及2名党组成员组成。下设部门包括：

1·办公室（科研管理部）

2·学会普及部

3·社科院

4·机关党总支