1、办公室

负责起草工作计划、总结、领导讲话稿和有关文件；参与调查、综合分析全市工会工作情况，提出意见和建议；负责重要会议和重大活动的安排与组织工作；协调机关各部室的工作；检查、督促主席办公会各项决议的落实；负责全市工运信息的收集和处理；负责机关文秘、督查、保密、档案、计生、接待、保卫、基建及行政后勤等工作，负责工会系统的外事工作和接待工作。

2、组织部

负责全市工会基层组织的发展和建设；指导工会的组建和规范化工作；指导职工参与民主管理；会同有关部门开展企业民主制度建设；组织、协调、指导全市工会干部的教育培训工作；协助有关党组织管理工会领导班子；负责机关、直属企事业单位的人事工资、老干部管理工作和职称评聘的有关工作。

3、宣教部

制定和提出全市工会宣传教育的计划和任务；调查研究和反映职工的思想状况，配合党委开展职工思想政治工作；指导全市职工文体工作；承担市职工读书自学协会等职工协会日常管理工作；负责对工人文化官的业务指导。

4、政策研究室

负责拟定调研课题，组织有关工人运动和工会工作重大课题的调查研究；参与市总工会重要文件的起草工作；负责指导工会的理论政策研究工作；负责工会史、志、鉴资料的编纂工作；编辑发行《厦门特区工运》；承担厦门工人运动研究会的日常工作。

5、经济部（评模办）

参与经济建设、企业改革、劳动保护问题的调查研究；参与有关法律、法规和政策的制订；组织指导全市职工开展群众性经济技术创新活动；组织开展群众性劳动保护，实施劳动安全卫生的群众监督；参与企业重大工伤事故的调查处理和建设项目的劳动保护设施的审查验收工作；承担劳动模范、\"五一\"奖章(奖状)获得者的推荐、评选和管理服务工作；负责对市总工会职工技术协作办公室和职工技术 交流站的业务指导。

6、法律与保障部

参与有关职工法律、法规、政策和涉及职工切身利益的重大改革方案的制定、修改；协同有关部门贯彻实施《工会法》、《劳动法》和有关法律、法规，为工会组织和职工提供法律服务；负责工会系统的信访工作；参与重大劳动争议案件的调查处理工作；加强对劳动法律、法规执行情况的监检查；指导各级劳动争议调解委员会工作和协调工会系统法律宣传教育工作；指导全市企业建立平等协商和签订集体合同制度；推进职工社会保障、再就业和集体福利事业的发展；指导职工疗休养工作；负责对职工休养所的业务指导；承担\"送温暖工程\"和市职工物价监督站的日常工作。

7、财务部

负责工会经费的收缴、管理和使用；编制、审批、汇总工会经费收支预决算；检查指导工会系统财务工作和会计事务管理工作；管理市总直属的经济实体。

8、女职工部

参与有关保护女职工权益和特殊利益的法律、法规、政策的制定，并检查督促贯彻实施；调查研究女职工工作、生活、学习、教育及劳动保护等方面的特殊问题，提出意见和建议；指导各级女职工委员会工作，承担市女职工委员会的日常工作。

9、审计室(经费审查委员会办公室)

对本级2会所属企事业单位的财务收支预算、决算及专项基金的管理和使用情况进行审计监督，对领导人的变动进行离任审计；对所属企事业的基建投资、维修、装修项目进行审计监督；对基层工会的行政计拨工会经费及上解进行审计监督。承担市总工会经费审查委员会的日常工作，指导各级工会审计组织和经费审查委员会开展工作。

产业工委的主要职责：

贯彻落实党和国家关于工人运动、工会工作的方针政策；结合本产业特点，制订工作计划，组织贯彻实施市总工会和上级产业工会的工作部署；调查研究和反映本产业职工切身利益重大问题的法律法规和政策的制定；组织和指导基层工会开展工作；加强与相关政府职能部门的沟通和协调，促进本产业劳动关系的稳定；协助有关单位党组织管理工会领导班子。