贵阳市白云兴农中学创办于1993年8月，取名兴农中学，意为兴旺发达农村教育事业。前身是“贵阳市白云区艳山红乡私立兴农职业学校”，当时仅有36名（后增至44名）初三补习生。1997年经市教委批准，更名为“贵阳市兴农中学”；1998年经市教委同意，定名为“贵阳市白云兴农中学”。在省市区党委、政府及其教育行政部门的关心帮助和以贵阳银行为代表的金融机构的贷款支持下，学校有了长足的发展。

2004年经省教育厅评估，2005年被批准成为贵州省二类示范性高中。

2010年被省教育厅确定为贵州省普通高中课程改革实验样本学校。

2019年获得“全国教育系统先进集体。

2022年学校荣获贵阳市大型普通高中学校教学质量“入出口”评估一等奖。

2023年9月9日，贵阳市白云兴农中学迎来30周年校庆。