西宁市环境保护局设6个内设机构：

(一)办公室（政策法规处）

负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作：承担政务信息、安全、保密、电子政务等工作。承担机关和所属单位人事、机构编制工作。起草环境保护的法规和规章草案；承担规范性文件的合法性审核等工作。

(二)规划财务处(国际合作处)

拟订并组织实施环境保护规划，组织编制环境功能区划，负责环境保护专项资金项目、环境保护投资、经费预决算、机关及所属单位财务、国有资产管理等；审核环境保护专项规划。承担环境保护国际间合作，争取政府、金融组织及民间团体的双边及多边合作项目。

(三)监测与总量控制处

承担全市减排工作。负责环境监测管理和环境质量等环境信息发布。承担城市环境综合整治定量考核工作；参与建设并组织管理环境监测网；参与调查评估环境质量状况并进行预测预警。组织编制全市总量控制及削减计划；提出实施总量控制的污染物控制指标及对县区和重点企业的控制指标；负责污染减排工程运行监督工作；参与实施总量减排责任制考核制度；负责环境统计工作。

(四)环境影响评价处

承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；拟订地方环境影响评价分级审批规定；负责市级审批的建设项目竣工环境保护验收；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；对市内超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。

(五)污染防治处

组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物化学品、机动车的污染防治工作；监督实施重点区域、重点流域污染防治工作；参与调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；监督管理放射源与射线装置安全，监督管理电磁辐射、高压输变电、放射性污染防治；负责企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作；组织开展强制性清洁审核。

(六)自然生态保护处

监督实施自然生态环境保护法律、法规和规章；拟订并组织实施全市生态保护规划、生物多样性保护计划，组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；负责农村生态环境保护工作。