1949年9月25日、26日，新疆和平解放，在新疆的国民政府各级检察机构实际上停止工作。

1950年10月4日，新疆省人民检察署成立。

1950年10月4日至1954年宪法颁布前，新疆人民检察制度处于初建时期。在这一时期，根据《中华人民共和国中央人民政府组织法》的规定以及中共中央、中共新疆分局的指示，至1951年建立各级检察机构56个，1952年实行精减，新疆检察机构被缩减到30个，1954年各级检察机构发展到42个，队伍发展到329人。

1958年至1961年，新疆检察机关的机构、队伍，除1961年有所发展，其余时间一直维持在1957年下半年的水平上。

1962年，新疆检察系统开始纠正“左”的错误，通过调查研究，总结了1958年至1961年在“左”的路线影响下使检察工作遭受挫折的教训，纠正了“一长代三长”、“一员代三员”和合署办公的做法，至1966年，各级捡察机构维持在114个和101个之间，检察人员保持在689人和694人之间。

1966年下半年，新疆虽然开始了“文化革命”运动，但各项检察工作仍正常开展着。1967年开始，这场运动冲击了新疆检察机关及其工作，自1月27日自治区人民检察院被造反派夺权后，各级检察机关开始陷入运动的旋涡，检察工作逐步瘫痪。

1968年1月2日之后，自治区各级人民检察机关相继实行军事管制，检察干部被集中起来搞“斗、批、改”，清理阶级队伍。12月底，新疆各级人民检察院被撤销。

1977年，新疆各级检察机构及其队伍建设完全中断。

1978年3月5日，第五届全国人民代表大会全体代表一致通过了中国第三部社会主义宪法。这部宪法第二章第43条规定重新设置人民检察院，揭开了新疆检察制度崭新的一页。在自治区党委的关怀领导下，新疆维吾尔自治区人民检察院于9月1日正式宣告重新成立了，之后地、县各级检察机构陆续成立。到1979年底，全疆成立各级检察机构108个，有干警1745人；至1985年底，各级检察机构达146个，有干警4099人。同1957年上半年对比，机构、人数分别增加了1·49倍和4·9倍。到1990年全疆检察机构达151个，干警达5050人。至2013年底，全疆检察机构达159个（包括兵团43个），干警达6692人（包括兵团967人）。

1978年5月至1982年12月，新疆检察工作完成恢复重建使命，属于重建阶段；1983年至1988年是以严厉打击严重刑事犯罪为主要任务、各项检察业务初步开展阶段；1989年至1995年是以严惩严重经济犯罪为主要任务、各项检察业务全面发展阶段；1996年至2013年是把严惩“三股势力犯罪”列入检察工作之首、各项检察业务深入开展阶段。