（一）办公室。负责机关日常运转工作。承担信息、保密、档案管理、信息化、社会治安综合治理等工作。组织开展生态环境重大政策、重大课题调研，承担生态环境重大综合性文稿、重大政策建议起草工作。

（二）人事科。承担生态环境保护系统干部的教育培训及管理工作。负责机关、派出机构和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、人才队伍建设、离退休干部工作。拟订生态环境保护年度目标和考核计划并组织实施。承担市生态环境局行政体制改革有关工作。

（三）规划财务科。承担生态环境领域项目规划、固定资产投资和资金项目管理相关工作。承担机关、派出机构和直属单位财务、国有资产管理、内部审计工作。负责预决算绩效管理工作。

（四）政策法规科。组织起草生态环境保护地方性法规、市政府规章草案。承担机关有关规范性文件的合法性审查工作。承担机关政务公开、行政复议、行政应诉等工作。拟订并组织实施生态环境保护宣传教育计划，组织开展生态文明宣传教育和社会主义精神文明建设工作。承担新闻审核和发布，指导生态环境舆情的收集、研判、应对工作。拟订并组织实施生态环境损害赔偿、环境信用体系建设等制度。承担生态文明体制改革工作。

（五）自然生态保护科。指导生态示范创建。承担自然保护地、生态保护红线相关监管工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。承担生态环境监测网建设和管理工作。组织开展生态环境监测、温室气体减排监测、污染源监督性监测、应急监测，调查评估全市生态环境质量状况并进行预测预警。组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析。负责生态环境标准和技术规范管理工作。指导县（市、区）生态环境监测工作。

（六）水生态环境科。指导和监督水生态环境质量保护与考核，组织实施跨界水体断面水质考核制度。指导入河排污口设置和水污染源排放管控工作。会同有关部门编制全市重点流域水生态环境规划和水功能区划并监督实施。负责重点流域、饮用水水源地水生态环境保护监管工作。指导推动长江经济带发展有关工作。

（七）大气环境科。负责大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理，组织实施大气环境质量改善目标落实情况考核，负责拟订并组织实施重污染天气应对政策措施，组织协调大气面源污染防治工作。承担区域大气污染联防联控工作。负责应对气候变化工作，组织实施清洁发展机制工作。承担生态环境对外合作工作，牵头承担市履约有关国际公约相关工作。

（八）土壤生态环境科。负责土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理。组织指导农村生态环境保护，监督指导农业面源污染治理工作。负责固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理，组织实施固体废物转移、危险废物经营许可等环境管理制度。

（九）环境影响评价与排放管理科。拟订生态环境准入清单并组织实施；承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作。承担排污许可、排污权交易、污染物排放总量控制综合协调和管理工作。承担生态环境科技工作，参与指导和推动清洁生产、循环经济、生态环保产业发展。负责核与辐射安全监督管理工作，承担核安全工作协调机制有关工作，组织开展核与辐射环境监测，承担辐射环境事故应急工作。

（十）生态环境保护督察办公室。监督生态环境保护党政同责、一岗双责落实情况。拟订并组织实施生态环境保护督察制度、实施方案，承担生态环境保护督察组织及协调工作。指导协调县市区政府对重大以上突发生态环境事件的应急、预警工作。负责生态环境督察整改、生态环境领域安全生产、生态环境信访工作，协调解决有关跨区域环境污染纠纷。

机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。