根据上述职责，宜宾县水务局设5个内设机构：

(一)办公室(信访办公室)。

负责机关日常政务的综合协调，负责文电、会务、机要、保密、档案、政务信息、绩效考核、督查督办、政务调研、综治、维稳、安全生产、法制建设、宣传、扶贫、双拥、信访、新闻发布等工作；组织办理人大、政协有关建议和提案；负责重大会议和重要接待工作；负责机关内部规章制度建设、规范性文件的审查和电子政务的组织实施；指导全县水务系统精神文明建设工作；负责机关和所属单位的党群工作。

(二)政策法规股(行政审批股)。

负责全县水务行业法规体系建设，拟订水务工作政策；研究提出水务行业改革发展的政策和建议；承担行政审批、行政诉讼、行政复议、行政应诉、行政赔偿和行政调解工作；指导全县水政监察及普法工作；指导水行政执法工作；统一管理水资源；组织实施取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订水量分配、水功能区划和水资源调度方案并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城镇供水的水源规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测江河湖库的水量、水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的建议；组织编制县管江河的水量调度并监督实施；负责全县水政监察规范化建设和管理；负责水利科技工作；负责计划用水和节约用水工作。

(三)计财股。

编制部门预算和决算；负责局机关财务管理和国有资产管理；编制水利固定资产投入计划；指导直属单位的财务管理工作；负责水资源费征收的监督管理；负责水利专项资金的监督管理；提出有关水务行业价格、收费、信贷的建议。

(四)人事股。

负责机关和直属单位的机构编制、人事管理、职称评定工作；负责水务行业职工的管理教育、继续教育、培训和管理工作；负责组织实施年度考核工作；负责人事劳动统计和人事档案管理工作；指导水务行业人才队伍建设和服务体系建设工作；负责局机关和直属单位离退休人员服务管理工作。

(五)供排水管理股。

牵头拟订城市供水、排水、污水处理发展规划并组织实施，指导乡镇排水规划、排水工程建设和管理；负责供排水企业的资质管理，负责城市供排水设施管理和饮用水安全的监督管理，负责协调城市建设中供排水基础设施的新建、改建和扩建工作；指导城市供排水安全生产工作；指导城市供排水安全生产工作；负责城市污水处理的监督管理；负责城市供排水价格测算的组织管理和污水处理费征收工作；负责排水基础设施使用和安全情况的监督检查。