(一)办公室。负责机关日常运转工作。组织协调机关和直属单位业务，督促重大事项的落实。承担新闻宣传、政务公开、机要保密、信访、安全工作。负责重要文稿草拟审核、公文管理、信息化、档案等工作。组织实施目标责任考核工作。负责机关机构编制、人事劳资、离退休人员服务管理等工作；负责水利系统宣传和职工教育培训工作；指导水利行业人才队伍建设。

(二)规划财务科。组织编制全市水利综合规划、专业规划和专项规划；指导推进水利建设项目前期工作；综合协调和审核水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；指导水工程建设项目合规性审查工作；组织实施水利固定资产投资计划，拟订水利建设年度投资计划和专项资金年度投资计划；协调开展项目实施后评价和绩效评价；承担水利统计工作；指导水利工程造价管理工作；负责市直水务系统预、决算管理工作；承担局机关财务核算管理工作；指导直属单位财务管理工作；承担局属单位中央和省级水利资金的监督管理工作；负责市直水利系统政府采购和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议；承担局属单位内部审计工作。

(三)建设监管科。指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施；指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导堤防、大坝、水库、水电站、水闸的除险加固、运行管理与划界；指导水利建设市场的监督管理和信用体系建设；指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程；督促检查水利重大政策决策部署和重点工作的贯彻落实情况，组织实施水利工程质量和安全监督；指导水利行业安全生产工作；监督指导全市水利工程招标投标活动；组织实施灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理，指导城乡供水和节水灌溉工作；承担全市农村水能资源开发工作，指导水电农村电气化、农村水能资源开发、小水电改造工作；指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设；组织、指导和协调实施全市水利扶贫脱贫工作。

(四)水土保持科。组织协调指导全市水土保持工作；负责全市水土流失综合防治、监督管理和监测评价；组织编制全市水土保持规划并监督实施、考核评估；负责水土保持监测和信息化工作，组织全市水土保持监测网络建设和管理；负责建设项目水土保持监督管理工作；承担全市能源开采水保补偿费征稽管理及恢复治理项目的监管；组织实施中省市重点水土保持建设项目；承担水利水电工程移民征地前期工作；研究拟订水利水电工程移民开发地方性法规和政策措施，负责全市水利水电工程移民安置和后期扶持的实施和监督管理工作，审核水利工程移民安置规划，负责水利水电移民安置工程验收工作，负责移民后期扶持政策的实施和管理工作；负责开展新建水库移民后期扶持人口的核定工作；承担国家南水北调项目管理及协调工作。

(五)节约用水科。指导水利依法行政和水利普法工作；负责水利立法和规范性文件管理、政策研究；负责水行政审批事项的事中事后监管；组织指导水政监察和水行政执法工作，协调跨流域、跨县区水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件；承担实施最严格水资源管理制度相关工作，指导开展水资源有偿使用工作；指导水量分配、水资源调度工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理工作；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作；组织开展水资源调查、评价有关工作；承担跨县区水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施；指导地下水开发利用和地下水资源管理保护工作；组织指导地下水超采区综合治理工作；负责水资源监测，发布水资源信息，按规定组织开展水资源、水能资源调查评价和水资源承载能力监测预警工作；参与编制水功能区划和入河排污口设置管理工作；拟订节约用水地方性政策并组织实施；组织编制并协调实施节约用水规划，指导计划用水、节约用水工作；组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度；指导和推动节水型社会建设工作；指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作； 组织指导水利科技创新、新技术推广应用、对外合作与交流；组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广；负责水利科技项目和科技成果的管理工作；承担市河长制(湖长制)领导小组办公室日常工作。

(六)水旱灾害防御科。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要河流和水利工程防御洪水抗御旱灾调度及应急水量调度方案并指导实施；承担水情旱情预警工作；承担防洪保护区洪水影响评价工作；监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划编制。