南京市雨花台中学始建于1957年9月。

1997年，南京市雨花台区政府投入资金1·1亿元易地新建，同年，学校被评为南京市重点中学。

1999年2月，学校从雨花西路33号迁入整体规划新建的现校址――紫荆花路66号。同年，学校被评为江苏省重点中学。

2005年，学校经雨花台区人民政府批准，实行初、高中分离。

2006年，学校被评为江苏省四星级高中。