根据上述职责，市水利水电局设9个内设机构：

（一）办公室（挂行政审批科牌子）

负责文电、会务、接待、机要、档案等机关日常运转工作；负责建议提案办理、重要事项督办落实；负责机关行政后勤管理工作；承担信息、保密、信访、政务公开、社会治安综合治理、新闻发布工作；按照一个窗口对外、一站式服务的要求，负责本机关行政审批事项的集中受理、全程协调服务和跟踪督办，对其中一般性的行政审批事项及“即办件”直接办理审批手续。

（二）人事科（直属机关党委办公室与其合署办公）

负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训工作；负责局机关和直属单位思想政治工作和精神文明建设；指导全市水利行业队伍建设；组织实施重点水利科学研究、技术引进和科技推广；负责水利体制改革的有关工作；负责局机关和直属单位的党群工作。

（三）规划财务科

拟订全市水利发展及战略规划，组织编制全市重大水利综合规划、专业规划和专项规划；审核市管和市重点水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；组织实施水工程建设项目合规性审查工作；组织实施水利水电行业技术标准、规程规范；负责提出市级财政性水利投资安排意见；负责管理和运营市直水利国有资产；承担局机关并指导直属单位的财务管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；承担水利统计工作。

（四）水政水资源科（对外使用“宜昌市节约用水办公室”名称）

推进全市水利行业依法行政工作，拟订市政府有关规范性文件草案；研究拟订全市水利工作的政策；组织、指导全市水利行政许可工作并监督检查；承办局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；协调跨县（市、区）水事纠纷；指导水政监察和水行政执法；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导、组织水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划工作；指导城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作；组织指导入河排污口设置工作；组织指导计划用水和节约用水工作。

（五）建设管理与安全监督科

指导、组织水利工程建设管理与质量监督；指导、组织水利建设市场的监督管理和信用体系建设；承担全市水利行业安全生产监督工作，指导水库、水电站大坝的安全监管，组织实施水利工程安全监督；组织开展市管水利工程建设项目的稽察工作。

（六）农村水利科（挂“宜昌市农村饮水安全工程建设管理办公室”牌子）

组织、协调全市农田水利基本建设；指导水利行业供水和乡镇供水工作。指导、组织、协调全市农村饮水安全工程建设与管理工作；组织、指导农村节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理；承担湖泊、灌区和机电排灌站归口管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设。

（七）水库科

承担全市水库管理工作，组织编制水库运行调度规程并监督实施；组织制定大型、中型、重点小型水库汛期调度运用方案及汛期控制运用计划；组织、指导水库大坝注册登记、大坝安全鉴定和蓄水安全鉴定工作；指导水库大坝安全监测和维修养护工作；组织实施水库除险加固并进行监督检查。

（八）水土保持科

承担全市水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；审核市级开发建设项目水土保持方案并监督实施。

（九）水电科

负责全市水能资源开发利用管理工作和小水电行业监管，指导、组织和实施水能资源规划编制、设计技术审查、建设监管、水库防汛调度等方面的工作；指导、组织水电农村电气化和小水电代燃料工作。

纪检监察、产业工会机构按有关规定设置。

离退休干部科负责局机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。