根据上述职责，区交通运输局设6个内设机构：

（一）办公室（挂政策法规科牌子）

组织协调机关行政工作，负责文电、会务、机要、电子政务、接待等机关日常工作；承担综合性报告、文件起草和政务公开、保密、档案、信访、宣传、保卫、政务值守、督促检查和综合协调等工作；组织办理建议、提案；负责局机关和局属事业单位社会治安综合治理工作；负责局机关和局属事业单位精神文明创建工作；负责机关后勤工作。

组织开展交通运输政策研究，指导有关体制改革工作；组织拟订交通运输规范性文件；指导和承担公路、水路交通行政执法、执法监督和有关行政复议、行政诉讼工作；负责局机关和局属事业单位的普法工作；承担交通行政审批制度改革有关工作。

（二）计划科（挂交通建设项目管理办公室牌子）

拟订全区公路、水路固定资产投资规模、建设项目，编制年度计划，按区政府规定权限审查交通固定资产投资项目；负责交通建设项目的立项工作；负责行业统计工作；指导全区公路、水路行业环境保护工作。

（三）建设管理科（挂区农村公路管理办公室牌子）

拟订全区交通建设和养护市场、工程质量相关政策、制度和技术标准并监督实施；按规定负责全区交通重点工程建设项目的设计审查、招投标、施工许可、竣工验收等工作；指导全区交通建设和养护技术管理工作；指导农村公路建设管理有关工作。

（四）安全运输科（挂应急管理办公室牌子）

贯彻落实全区公路、水路安全生产政策，拟订应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急处置体系建设；负责督促指导区域性港口、水上交通安全监督管理及船舶检验工作；组织协调公路、水路有关工程建设安全生产监督管理工作；依法组织或参与重大突发事件的协调处置和有关事故的调查处理工作。

拟订全区道路、水路运输、城市公共客运、交通运输物流有关政策、制度、标准、规范并监督实施；负责全区道路、水路客货运输及驾驶员培训等相关辅助业的行业管理；指导路政、运政管理工作；指导物流市场有关工作；指导行业节能减排工作；按规定组织协调国家重点物资和紧急客货运输；承担国防动员和交通战备有关工作。

承担涉及综合运输体系的规划协调工作，会同有关部门组织编制全区综合运输体系规划；承担协调服务铁路、邮政等工作；组织编制全区公路、水路行业中长期发展规划，参与拟订物流业发展战略和规划；指导全区城乡客货运及有关设施的规划和管理。

（五）财务审计科

负责局机关和局属事业单位财务、固定资产管理，做好内部审计工作，制定财务和审计管理制度并监督实施；拟订有关规费征收、管理和使用政策并监督实施；负责政府投资交通重点工程建设项目资金筹措和监督管理；承担部门预算、政府采购、投资融资、银行信贷等有关管理工作。

（六）政工科

负责局机关和局属事业单位机构编制、组织人事、劳动工资、技术职称、年度考核等工作；负责干部管理、职工教育及思想政治工作；负责局机关和局属事业单位党建、纪检监察工作；负责局机关离退休干部工作，指导局属事业单位的离退休干部工作。

组织拟订全区交通运输系统科技、信息、教育发展有关政策、制度并监督管理；组织协调有关重大科技项目研究；指导全区公路、水路行业人才队伍建设；指导公路、水路行业职业教育、岗位培训工作。