2016年7月25日，央行通报了对银联商务有限公司存在未落实商户实名制、变造银行卡交易信息、为无证机构提供交易接口、通过非客户备付金账户存放并划转客户备付金、外包服务管理不规范等严重违规现象。依法没收银联商务有限公司违法所得6，134，255·55元，处以罚款26，537，022·20元，对其总公司及五家分公司相关责任人给予警告并处罚款。

2016年8月21日，根据央行发布的《支付业务许可证》续展决定，银联商务支付业务许可证获续展，有效期仍为五年。2022年12月30日，央行网站发布处罚公示，银联商务因9项违法行为，被给予警告，没收违法所得15·724832万元，并处罚款6516万元。

2022年底，银联商务被罚款6500余万元，中国人民银行网站披露的行政处罚公示显示，银联商务股份有限公司存在9项违法违规行为：

1·违反商户管理规定；

2·违反清算管理规定；

3·违反条码支付业务管理规定；

4·违反机构管理规定；

5·未按规定履行客户身份识别义务；

6·未按规定保存客户身份资料和交易记录；

7·未按规定报送可疑交易报告；

8·与身份不明的客户进行交易或者为客户开立匿名账户、假名账户；

9·违反个人金融信息保护规定。

2024年1月9日，北京银联商务因违反账户管理规定，被罚款10万元。

2024年5月31日消息，中国人民银行上海市分行公布的行政处罚信息表显示，银联商务股份有限公司因违反清算管理规定，被警告并罚款55万元。孙某平（时任银联商务股份有限公司党委委员）对违规行为负有责任，被警告并罚款5万元。

银联商务对此回应称“针对检查发现的问题，我司高度重视、逐条比对、认真剖析，在检查期间即完成所涉问题的全面整改。”