全院共开设25个行政职能科室，有32个临床科室（病区）、11个医技科室。

行政科室

医院办公室、医务科、护理部、财务科、总务科、科教科、审计科、党务办公室、质控科、人事科、医保物价科、绩效办、感控科、保健科、儿童保健科、保卫科、设备科、公卫科、拓展科、信息科、基建科、食堂管理科（河池市宜州康膳饮食有限公司）、住院服务管理科、汽车组、病案科。

临床科室

心血管内科、消化内科(下设胃肠镜室)、呼吸内科、神经内科一病区、神经内科二病区、感染性疾病科、结核病防治中心、内分泌肾内血液病科、康复科、胃肠肛肠小儿外科；脊柱、骨关节外科；泌尿外科、创伤骨科、烧伤科；肝胆、腺体血管外科；神经外科、胸外科；重症医学科、血液净化室、妇科、产科、肿瘤科、儿科一病区、儿科二病区、五官科、口腔科、中医科、中医理疗室、急诊科、手术麻醉科、门诊部、介入治疗科、月子调养科、女性康复科。

医技科室

高压氧科、体检科、检验科、输血科、药剂科、放射科(下设有ct室)、超声诊断科、心电诊断科（下设脑电图室）、病理科、消毒供应室、营养科。