1910年，清王朝在全国进行司法制度改革，翌年设立琼山商埠地方检察厅、初级检察厅。

清亡民国立，1914年，琼山地方检察厅、初级检察厅被裁撤。1924年，复设琼山地方检察厅。

1926年，琼山地方检察厅设在琼山县法院内。

1934年，广东高等法院在琼山增设分院，分院设检察处。

1938年，日军侵琼，检察机构解散。

1946年，在琼山县法院内复设琼山地方法院检察处，与县法院同级。新中国成立后，

1950年4月23日，琼山县解放，琼山地方法院检察处偕同法院被海南军事管制委员会接管。

1954年初，成立琼山县人民检察院，配置检察长、检察员、书记员各一人。

1955年，检察干部增加到12人。1955年，琼山县检察院认真执行《中华人民共和国惩治反革命条例》，全力参加打击反革命分子活动。

1955—1958年，批捕反革命犯370名。

1958年12月，琼山县并入海口市，县人民检察院改为海口市郊区人民检察院。

1959年11月，复设琼山县，恢复琼山县人民检察院建置。

1968年10月1日，撤销琼山县人民检察院，其职权由公安机关行使。

1978年8月，复设县人民检察院。

1994年1月1日，琼山撤县设市，改为琼山市人民检察院。

2003年1月1日，琼山县再次并入海口市，县人民检察院改为海口市琼山区人民检察院。

2008年12月20日海口市琼山区人民检察院办案暨技术综合楼和下设的云龙检察室办公综合楼破土动工，2010年2月1日同时落成启用，从根本上改变了基础设施长期落后的局面，为依法履行检察职责奠定了坚实的基础。

2016年6月21日，海口市琼山区人民检察院检察服务大厅、控告申诉接待大厅、举报中心“三体一位”综合性办公楼正式落成启用，是海口检察机关首家实现来信来访接待中心与办公区域分开设置，这标志着海口市琼山区人民检察院的规范化建设迈上了一个新台阶，为进一步推动案件信息公开、社会矛盾化解和公正廉洁执法提供了硬件保障。

2019年，为全面贯彻落实高检院、省检察院内设机构改革部署和要求，坚持正确改革方向，立足工作实际，优化检察机关职能配置、整合检察资源，积极构建符合司法规律、系统完备、科学规范、运行高效的检察机关内设机构职能体系，琼山区检察院高效完成内设机构改革工作。