根据上述职责，云南省地方税务局机关设12个内设机构（正处级）和机关党委、离退休人员办公室。

办公室

负责机关文电、会务、机要、档案、督办、信访、保密、保卫等工作；负责组织起草、审核重要文稿；负责税收宣传、新闻发布及政务信息公开；负责机关财务、国有资产管理等工作。

政策法规处

拟订依法行政、依法治税工作方案并组织实施；负责监督、检查税收法律法规、规章及规范性文件的执行情况；组织协调涉及多税种、综合性税收政策的事项并负责办理；负责机关有关规范性文件的合法性审核工作，并定期进行清理、评估和反馈；牵头重大税收案件审理及规范税务行政审批工作；负责税收规范性文件的备案备查工作，负责行政复议、行政应诉及国家赔偿。

计划统计处

牵头编制年度税收计划；负责税收计划下达、执行等有关工作；负责税源调查、税收收入分析预测、重点税源监控、企业税收资料调查；负责税收会计核算、统计核算和税费票证印制、领发、管理等工作；负责除社会保险费外的费票缴销及与银行的对账工作。

征收管理和纳税服务处

拟订综合性税收征管实施办法并组织实施；提出完善专业化征收管理和税收征管规程的建议；负责税收征管数据的管理和应用及综合性纳税评估；负责征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析；负责税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等工作；负责个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度的实施；负责纳税服务和税收信用体系建设；指导税收争议的调解；牵头组织涉外税收管理工作；负责税务着装管理工作，参与注册税务师的管理。

税政一处

负责营业税、资源税、文化事业建设费的税收业务管理；对有关税（费）种的具体业务问题进行解释和处理；负责有关税源监控管理及税收收入分析。

税政二处

负责地方税务系统征管范围内的企业所得税、个人所得税的税收业务管理；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；责重点企业的税源管理、税基管理、涉税事项审批、汇算清缴；负责有关税收收入分析。

税政三处

负责城镇土地使用税、房产税、车船税、印花税、筵席税、土地增值税、城市维护建设税、固定资产投资方向调节税、教育费附加、地方教育附加、烟叶税、契税和耕地占用税的税收业务管理；对有关税（费）种的具体业务问题进行解释和处理；负责有关税源监控管理及税收收入分析。

规费管理处

负责社会保险费及规定范围内的其他规费的征收管理；负责社会保险费征收票据缴销、对账和统计；负责组织规费综合性政策调研；负责对有关费种的具体业务进行解释和处理。

科技信息处

拟订信息化建设规划、实施方案并组织实施；负责信息技术体系建设和监督、验收；制定信息化建设和管理规章制度并监督实施；负责信息化建设项目立项、论证、设备配置计划、技术应用标准等管理工作；负责税费征收数据的采集、分析和监控。

财务处

拟订财务管理、基本建设管理等办法并组织实施；审核汇编部门预算、决算；负责会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本；负责地方税务系统的国库集中支付工作；负责资产购置、使用、处置、清理等工作；负责地方税务系统内部审计。

宣传教育处

负责地方税务系统思想政治建设、精神文明建设、文化建设和基层建设工作；拟订地方税务系统人员培训、学历教育管理制度、工作规划、年度计划并组织实施；审核机关业务培训计划；负责培训质量考核与评估；负责教育培训项目的开发与管理；负责教育培训经费的预算及管理。

人事处

负责地方税务系统的机构编制、人事和队伍建设工作；承担管理权限内的干部任免、考核和领导班子管理工作；参与制定干部教育培训规划；

负责国家税务总局组织的学历教育人员、参加党校学习人员和处级干部各类学习、培训人员的选调、派遣；办理出国（境）人员的有关事务。

机关党委负责机关和直属单位的党群工作。

离退休人员办公室负责机关和直属单位离退休人员工作，指导省以下地方税务系统的离退休人员工作。