北京协和医学堂

1906年，英国伦敦教会在清朝慈禧太后和清政府的支持下，在北京创办了协和医学堂。随后长老会、美以美会、内地会、伦敦教会医学院和英格兰教会也加入其中。协和医学堂（union medical college）成为由英美教会在中国合办的第一所医学院校。

私立北京协和医学院

1915年，洛克菲勒基金会收购了协和医学堂，并将新学校的名称改为“北京协和医学院”。1916年7月，基金会斥资24万银圆，购下了清朝“八大铁帽子王”之一的豫亲王府，作为学院校址。1917年9月24日，北京协和医学院在豫王府举行奠基仪式。

1921年，柯立芝设计的协和建筑群竣工，同年9月，举办了极为隆重的协和建筑群落成典礼。20世纪初，国际国内社会环境及创办者拥有的雄厚资本，为协和医学院及协和医院的建立提供了有利条件，学院很快进入国际医学教育先进行列，并随着国内各医学院校毕业生来院进修，迅速成为中国的医学中心。

中国协和医学院

1941年12月，日军占领学校，被迫停办。学校下属护校于1943年9月在成都借华西大学及医院部分校舍和设备条件重建护校，1946年6月，返回北平。1948年，学校收回全部校舍，在北平复校。1951年，中央人民政府教育部和卫生部接管私立北平协和医学院，学校改名为中国协和医学院。

北京协和医学院时期

1957年，中国协和医学院与中国医学科学院合并。1959年由中国医学科学院筹备，恢复长学制的医学院，命名为中国医科大学。1970年学校停办，后于1978年学校恢复办学，改名为中国首都医科大学。1985年，学校改名为中国协和医科大学。

1996年10月，学校顺利通过国务院学位办对33所研究生院的合格评估并正式挂牌。

2006年9月5日，教育部和卫生部共建北京协和医学院（清华大学医学部）大会暨揭牌仪式在人民大会堂举行，中国协和医科大学正式更名为北京协和医学院（清华大学医学部）。同年，“协和医学院旧址”被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。

2017年9月，北京协和医学院入选国家双一流建设高校。

2021年12月26日，北京协和医学院马克思主义学院揭牌成立。2023年7月19日，中国医学科学院北京协和医学院与中国医科大学签署战略合作框架协议，院校长王辰与中国医科大学党委副书记、校长王振宁共同签署《中国医学科学院北京协和医学院 中国医科大学战略合作框架协议》。

2024年6月12日，北京协和医学院脑和类脑学院揭牌成立。2024年12月，北京协和医学院医学人文发展研究院正式揭牌成立。

2025年5月15日，北京协和医学院“4+4”试点班核查情况。北京协和医学院“4+4”试点班是面向国内外高水平大学招收优秀非医学专业本科毕业生直接攻读博士学位的试点，旨在推动医学教育与多学科融合，探索推进八年制医学教育改革。