1·办公室：负责机关日常运转。承担文电、会务、信息、宣传、信访、安全、保密、应急、督查督办和政务公开等工作。负责机关和直属单位干部人事、机构编制、财务、资产管理、队伍建设和教育培训等工作。组织拟订全市医疗保障工作规划和年度计划。承担规范性文件的合法性审查工作。组织开展对外合作交流。

2·待遇保障科：组织拟订全市医疗保障筹资和待遇政策，统筹城乡医疗保障待遇标准。拟订基本医疗保险、生育保险、补充医疗保险、大病保险、医疗救助等配套政策并组织实施，统筹推进多层次医疗保障体系建设。建立健全医疗保障关系转移接续制度。组织实施长期护理保险制度改革。推进公共服务体系和信息化建设。指导和规范全市医疗保障经办业务。

3·医药服务管理科：拟订全市医保目录支付标准，建立动态调整机制，承担医保目录准入相关工作。拟订全市定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算政策。组织推进医保支付方式改革。组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。

4·医药价格和招标采购科：贯彻执行全省药品、医用耗材价格政策，拟订医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策并组织实施。建立价格信息监测和信息发布制度。拟订药品、医用耗材的招标采购、配送以及结算管理政策并监督实施，推进集中采购平台建设。

5·监督执法和基金监管科：拟订全市医疗保障监督执法和基金监管配套政策并组织实施。建立健全医疗保障基金安全防控机制，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度。监管纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，稽核参保对象参保行为，监督医保经办工作，依法查处医疗保障领域违法违规行为。负责审核医疗保障基金预决算草案和数据统计分析。