1994年9月13日，原国家教委党组决定由中国教育报社、中国教育杂志社和神州学人杂志社三个单位组建中国教育报刊社，新组建的中国教育报刊社主办《中国教育报》、《人民教育》杂志、《中国高等教育》杂志和《神州学人》杂志，俗称一报三刊。

1995年1月，创办了《神州学人》网站。

1998年，接受教育部民族教育司转来的《中国民族教育》杂志。

2003年，创办《中国教师报》和中国教师报网站。

2006年，在中国教育报网络版的基础上创办了中国教育新闻网。

2011年，创办了人民教育网站，自此形成了拥有两报四刊四网，覆盖教育各个领域传统媒体与新兴媒体相结合的全国教育主流媒体。

2021年1月1日，中国教育报刊社所属媒体全新改版，以更坚定的决心、更有力的举措推进媒体深度融合。

2023年4月1日，中国教育报刊社江西记者站揭牌。