学校前身

重庆交通大学前身为西南交通专科学校。1951年，为建设川藏公路急需，邓小平领导的西南军政委员会决定在重庆设立西南交通专科学校；11月7日，西南交通专科学校正式成立。

此后学校经历多次更名，1952年，学校更名为中专性质的西南交通学校。1953年，更名为重庆公路学校，属中央交通部西南公路管理局领导。1954年，更名为交通部西南公路学校，9月起，由中央交通部直接领导。1955年，更名为交通部重庆公路工程学校，由交通部直接领导。1956年12月，交由交通部公路总局领导管理，同年11月，又交给交通部教育局管理。1958年7月，交通部所属中等专科学校体制下放，交通部重庆公路学校下放归四川省交通厅管理。8月，学校更名为四川省重庆公路工程学校，这是中专时期的最后一次更名。

1960年8月，成都工学院土木系、武汉水运学院水工系、四川冶金学院冶金系迁入四川省重庆公路工程学校，共同组建重庆交通学院，办学地点为重庆市南岸区七公里。1963年7月，经国务院批准，重庆交通学院又划归交通部领导。1971年9月，重庆交通学院与重庆建筑工程学院合并。1972年与重庆建筑工程学院合并。1979年恢复重庆交通学院建制，重庆航务工程学校并入。

更名发展

2006年2月，经国家教育部批准，重庆交通学院更名为重庆交通大学。办学地点在重庆市南岸区学府大道66号。同年，学校经国务院学位委员会批准，增列为博士学位授予单位。6月，学校入选国家大学生文化素质教育基地名单。2007年，学校接受国家教育部本科教学工作水平评估，结论为“优秀”。2009年，国家批准在重庆交通大学设立土木工程一级学科博士后科研流动站。2010年，学校成为全国毕业生就业典型经验高校。2011年7月，占地2400亩的重庆交通大学双福校区（今科学城校区）一期工程建成。重庆交通大学形成双校区办学格局。9月，学校入选第二批卓越工程师教育培养计划高校。

2013年1月，学校入选国家级大学生创新创业训练计划。2016年8月，学校入选“中西部高校基础能力建设工程”。8月，学校成为全国创新创业典型经验高校。2017年3月，与北京工业大学等高校共同发起成立“一带一路”中波大学联盟。7月，入选重庆市一流学科建设高校。2020年5月12日，与四川大学等高校共同发起成立成渝地区双城经济圈高校联盟。2022年1月13日，入选重庆市高水平“四新”建设高校立项（培育）名单（新工科建设高校立项培育名单）。

2024年9月，交通运输部印发《关于重庆交通大学开展山区桥隧智能建造与运维关键技术等交通强国建设试点工作的意见》，同意重庆交通大学在“山区桥隧智能建造与运维关键技术”“传承弘扬‘两路’精神系统工程建设”“山区交通工程创新人才培养”等方面开展试点。

2024年11月27日，重庆交通大学前沿技术交叉研究院建设方案通过论证。

2025年2月，人力资源和社会保障部、教育部联合发布了2025年度“高等学校学科创新引智基地”（简称“111计划”）立项建设名单，重庆交通大学“交通基础设施设计建造与运维创新引智基地”获批立项，成为了该校获批的首个国家高等学校学科创新引智基地。

2025年4月11日，重庆交通大学-中设咨询研究院揭牌。